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Yorodumi- PDB-6muy: Fluoroacetate dehalogenase, room temperature structure solved by ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6muy | |||||||||
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Title | Fluoroacetate dehalogenase, room temperature structure solved by serial 3 degree oscillation crystallography | |||||||||
Components | Fluoroacetate dehalogenase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Dehalogenase / defluorinase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Finke, A.D. / Wierman, J.L. / Pare-Labrosse, O. / Sarrachini, A. / Besaw, J. / Mehrabi, P. / Gruner, S.M. / Miller, R.J.D. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: IUCrJ / Year: 2019 Title: Fixed-target serial oscillation crystallography at room temperature. Authors: Wierman, J.L. / Pare-Labrosse, O. / Sarracini, A. / Besaw, J.E. / Cook, M.J. / Oghbaey, S. / Daoud, H. / Mehrabi, P. / Kriksunov, I. / Kuo, A. / Schuller, D.J. / Smith, S. / Ernst, O.P. / ...Authors: Wierman, J.L. / Pare-Labrosse, O. / Sarracini, A. / Besaw, J.E. / Cook, M.J. / Oghbaey, S. / Daoud, H. / Mehrabi, P. / Kriksunov, I. / Kuo, A. / Schuller, D.J. / Smith, S. / Ernst, O.P. / Szebenyi, D.M.E. / Gruner, S.M. / Miller, R.J.D. / Finke, A.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6muy.cif.gz | 255.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6muy.ent.gz | 204.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6muy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6muy_validation.pdf.gz | 434.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6muy_full_validation.pdf.gz | 440.1 KB | Display | |
Data in XML | 6muy_validation.xml.gz | 24.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6muy_validation.cif.gz | 34.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/6muy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/6muy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6muhC 6muzC 6mv0C 6mzzC 6n00C 6n02C 6n03C 6fsxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34073.660 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (phototrophic) Strain: ATCC BAA-98 / CGA009 / Gene: RPA1163 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6NAM1, haloacetate dehalogenase #2: Chemical | ChemComp-CA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.5 mM defluorinase with a mother liquor of 16-20% PEG 3350, 100mM Tris-Cl pH 8.5, and 200mM CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 1.2155 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 1M / Detector: PIXEL / Date: Mar 2, 2018 / Details: Be compound refractive lens |
Radiation | Monochromator: W/B4C multilayer / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2155 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→39.55 Å / Num. obs: 48608 / % possible obs: 99.02 % / Redundancy: 12.6 % / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.2694 / Net I/σ(I): 6.65 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 4676 / CC1/2: 0.106 |
Serial crystallography sample delivery | Description: fixed target on Si microchips / Method: fixed target |
Serial crystallography sample delivery fixed target | Details: 3 degree oscillation per sample / Motion control: Geobrick LV-IMS-II / Sample holding: Si microchip / Support base: goniometer |
Serial crystallography data reduction | Frame hits: 48690 / Frames indexed: 34800 / Frames total: 201165 / Lattices indexed: 2320 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6FSX Resolution: 1.8→39.55 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→39.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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