[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5k3e: Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Asp... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5k3e | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Asp110Asn/Glycolate - Cocrystallized | |||||||||
![]() | Fluoroacetate dehalogenase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Homodimer / Dehalogenase | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mehrabi, P. / Kim, T.H. / Prosser, S.R. / Pai, E.F. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The role of dimer asymmetry and protomer dynamics in enzyme catalysis. Authors: Kim, T.H. / Mehrabi, P. / Ren, Z. / Sljoka, A. / Ing, C. / Bezginov, A. / Ye, L. / Pomes, R. / Prosser, R.S. / Pai, E.F. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 145.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 112 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 448.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 453.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5k3aC ![]() 5k3bC ![]() 5k3cC ![]() 5k3dC ![]() 5k3fC ![]() 5swnC ![]() 5t4tC ![]() 3r3uS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 34072.676 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D110N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-98 / CGA009 / Gene: RPA1163 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOA / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.27 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG 3350 19-22%, 200mM Calcium chloride, 100mM Tris HCL pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 11, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.54→19.8 Å / Num. obs: 78608 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 24 |
Reflection shell | Resolution: 1.54→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3R3U Resolution: 1.54→19.776 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.59
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.89 Å2 / Biso mean: 16.0274 Å2 / Biso min: 4.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.54→19.776 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
|