PDB-6qkt: Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Tyr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qkt

タイトル

Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Tyr219Phe - Fluoroacetate soaked 24hr - Glycolate bound

要素

Fluoroacetate dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / Hydrolaser / Substrate Inhibition / Allostery / Dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

haloacetate dehalogenase / haloacetate dehalogenase activity / epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 / 解像度: 1.512 Å

データ登録者

Mehrabi, P. / Kim, T.H. / Prosser, R.S. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Substrate-Based Allosteric Regulation of a Homodimeric Enzyme.
著者: Mehrabi, P. / Di Pietrantonio, C. / Kim, T.H. / Sljoka, A. / Taverner, K. / Ing, C. / Kruglyak, N. / Pomes, R. / Pai, E.F. / Prosser, R.S.

履歴

登録	2019年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qkt.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qkt.ent.gz	111.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qkt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qkt_validation.pdf.gz	398.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qkt_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	6qkt_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	6qkt_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/6qkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/6qkt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qksC 6qkuC 6qkwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r3x-d 3r40-d 5k3b-d 5k3d-d 5k3c-d 6gxl-d 6gxt-d 3r3w-d 6qku-d 6gxf-d 7a43-d 6qi3-d 6qkw-d 5k3e-d 5o2g-d 3r41-d 5o2i-d 6qhu-d 4eus-1 4dno-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fluoroacetate dehalogenase

B: Fluoroacetate dehalogenase

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.850, 79.510, 84.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluoroacetate dehalogenase 分子量: 34057.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 遺伝子: RPYSC3_11920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R4GQN1, UniProt: Q6NAM1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸分子量: 76.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18-20% PEG3350, 200 mM CaCl2, and 100 mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.512→28.66 Å / Num. obs: 83093 / % possible obs: 98.23 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 1.512→1.566 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.512→28.66 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2052	4143	4.99 %
R_work	0.1763	-	-
obs	0.1778	83097	98.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.512→28.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4666	0	5	629	5300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4877
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	6646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.333	3928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	874

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5119-1.5291	0.2974	94	0.2545	1750	X-RAY DIFFRACTION	65
1.5291-1.5471	0.2537	114	0.2495	2435	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5471-1.5659	0.2953	148	0.2378	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5659-1.5858	0.2535	145	0.2341	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5858-1.6066	0.2578	140	0.211	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6066-1.6286	0.2243	129	0.2113	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6286-1.6519	0.2382	141	0.2019	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6519-1.6766	0.2559	137	0.2049	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6766-1.7028	0.2583	129	0.2011	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7028-1.7307	0.2473	133	0.2019	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7307-1.7605	0.2604	152	0.2028	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7605-1.7925	0.2367	134	0.2063	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7925-1.827	0.2329	132	0.1976	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.827-1.8643	0.2575	142	0.1922	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.9048	0.2148	139	0.1875	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9048-1.9491	0.2094	128	0.1823	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9491-1.9978	0.2194	151	0.1789	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9978-2.0518	0.1904	125	0.1782	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0518-2.1122	0.2094	134	0.1812	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1122-2.1803	0.2004	127	0.1745	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1803-2.2582	0.2046	160	0.1715	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2582-2.3486	0.179	153	0.1735	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3486-2.4555	0.1892	152	0.1748	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4555-2.5848	0.223	137	0.1696	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5848-2.7467	0.2058	140	0.179	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7467-2.9585	0.2476	140	0.188	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9585-3.2559	0.2123	147	0.1701	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2559-3.7262	0.1686	129	0.1559	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7262-4.6912	0.1502	158	0.1289	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6912-28.6646	0.1514	153	0.146	2729	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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