PDB-4eus: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to 1,2-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eus

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to 1,2-hexanediol

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Visualizing the Mechanism of Epoxide Hydrolysis by the Bacterial Virulence Enzyme Cif.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Morisseau, C. / Gerber, S.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eus.cif.gz	489.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eus.ent.gz	402.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dmcC 4dnfC 4dnoC 4ehbC 3kd2S 3kda 3pi6 4dln 4dm7 4dmf 4dmh S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yx9-1 5tnr-1 5hk9-2 5tnl-1 5tnh-2 5tnh-1 4dno-2 5tnq-2 4dno-1 5tnn-1 3r40-d 5tni-1 3kd2-2 5hk9-1 4dmc-1 4dm7-2 6qkt-d 4dnf-1 5tnm-2 3kd2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.768, 84.249, 90.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-712- HOH
2	1	C-635- HOH
3	1	C-646- HOH
4	1	D-589- HOH

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 34164.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-0RE / (2S)-hexane-1,2-diol / (S)-ヘキサン-1,2-ジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.02M 1,2-hexanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→46.45 Å / Num. obs: 149966 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 15.63
反射シェル	解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / Num. unique all: 12794 / R_sym value: 0.377 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Chain A of PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 1.65→46.45 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.02 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1974	7520	5.01 %	thin shells
R_work	0.1687	-	-	-
obs	0.1701	149955	99.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.488 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8506 Å²	-0 Å²	0.4012 Å²
2-	-	-1.3604 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.2109 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9352	0	16	1334	10702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	13278
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.441	3570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1750

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6688	0.2828	376	0.2458	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6688-1.6884		0	0.2347	5003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6884-1.709	0.2659	376	0.2343	4552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.7306	0.2446	376	0.2247	4616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7306-1.7534		0	0.2138	4986	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7534-1.7774	0.2272	376	0.202	4541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7774-1.8028	0.2234	376	0.2026	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8028-1.8297		0	0.1863	4977	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8297-1.8583	0.2288	376	0.1909	4646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8583-1.8888	0.2222	376	0.1864	4569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8888-1.9213		0	0.1748	4992	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9213-1.9563	0.1919	376	0.1638	4631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9563-1.9939	0.1938	376	0.1654	4581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9939-2.0346		0	0.1639	4977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0346-2.0788	0.1965	376	0.1643	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0788-2.1272	0.1844	376	0.1638	4596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1272-2.1804		0	0.1618	5004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1804-2.2394	0.2013	376	0.1654	4626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2394-2.3052	0.2146	376	0.1733	4643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3052-2.3797		0	0.1615	4979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3797-2.4647	0.1901	376	0.1672	4619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4647-2.5634	0.1879	376	0.1653	4636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5634-2.68		0	0.1638	4985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.8213	0.1833	376	0.1655	4644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8213-2.998	0.1913	376	0.1712	4637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.998-3.2295		0	0.1718	5020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2295-3.5544	0.1882	376	0.1567	4639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5544-4.0684	0.1746	376	0.1509	4654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0684-5.1247		0	0.1263	5062	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1247-46.4679	0.1888	376	0.1858	4760	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5993	0.0434	0.0725	0.6217	-0.0366	0.6191	0.003	0.0631	-0.0529	-0.0484	-0.0191	-0.0628	0.0766	0.0604	0.01	0.08	0.0012	0.0118	0.0814	-0.0051	0.0608	21.9278	12.3684	-27.4424
2	0.8047	0.2526	-0.0256	0.7015	0.0485	0.3728	-0.0185	0.0213	0.1201	0.0361	0.0063	-0.0315	-0.0619	-0.0026	0.0057	0.0708	-0.0137	-0.0177	0.0618	0.0061	0.0862	31.0711	51.3549	-15.8003
3	0.5488	-0.0164	0.04	0.7523	-0.0926	0.7013	-0.0048	0.0143	0.0844	-0.0155	-0.0145	0.0923	-0.084	-0.0528	0.0105	0.0629	-0.0019	0.0038	0.0543	-0.0023	0.0717	-5.6619	44.3894	-27.275
4	0.7399	0.0786	-0.036	0.5389	-0.1175	0.363	0.016	0.0066	-0.0444	-0.0076	-0.0014	0.074	0.0223	-0.007	-0.0093	0.0532	-0.0237	0.0071	0.0642	0.0015	0.0466	-14.7063	5.4248	-15.7749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:317)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:317)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:317)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:317)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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