PDB-5hk9: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to a ur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hk9

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to a urea inhibitor

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Bacterial Epoxide Hydrolase / Inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Potent and Selective Inhibitors of an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Kitamura, S. / Hvorecny, K.L. / Niu, J. / Hammock, B.D. / Madden, D.R. / Morisseau, C.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hk9.cif.gz	490.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hk9.ent.gz	402.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hk9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hk9_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hk9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5hk9_validation.xml.gz	54.6 KB	表示
CIF形式データ	5hk9_validation.cif.gz	80.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hkaC 5hkbC 3kd2S 4yx9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hkb-1 4dmc-1 5tne-1 5tnm-1 4dm7-1 5tnl-1 3pi6-1 5hkb-2 5tni-2 4dm7-2 3kd2-2 5tnf-1 4dmk-2 5tnj-1 4dnf-1 5hka-2 5tnk-2 3kda-2 5tnq-2 4dno-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.270, 84.066, 89.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-689- HOH

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34164.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pDPM73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-64O / N-(4-{[4'-(carbamoylamino)-6-hydroxybiphenyl-3-yl]oxy}-3,5-dichlorophenyl)propanamide / 1-[4-[3-[4-(プロパノイルアミノ)-2,6-ジクロロフェノキシ]-6-ヒドロキシフェニル]フェニル]尿素分子量: 460.310 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₉Cl₂N₃O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000, Calcium Chloride, Sodium Acetate, Dimethylsulfoxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.828 Å / Num. obs: 111909 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
XDS	January 10, 2014	データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.8→19.828 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1977	5589	4.99 %
R_work	0.1687	-	-
obs	0.1701	111894	98.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.787 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5586 Å²	-0 Å²	0.2732 Å²
2-	-	-4.4863 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.9278 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.828 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9447	0	93	1130	10670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.115	13527
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.966	3640
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8204	0.2918	275	0.2667	3487	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8204-1.8419	10000000	0	0.2573	3609	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8419-1.8643	0.2788	277	0.2434	3373	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8643-1.8879	0.286	280	0.234	3446	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8879-1.9127	10000000	0	0.2151	3684	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9127-1.9389	0.2346	277	0.1935	3374	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9389-1.9666	0.2223	274	0.1846	3435	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9666-1.9959	10000000	0	0.1814	3681	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9959-2.027	0.215	275	0.1768	3417	X-RAY DIFFRACTION	98
2.027-2.0602	0.2144	277	0.1737	3422	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0602-2.0957	10000000	0	0.1738	3728	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0957-2.1338	0.2085	279	0.1639	3371	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1338-2.1748	0.1996	277	0.1666	3460	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1748-2.2191	10000000	0	0.1679	3717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2191-2.2673	0.1808	281	0.1664	3453	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2673-2.32	0.1985	279	0.1675	3407	X-RAY DIFFRACTION	98
2.32-2.3779	10000000	0	0.1637	3729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3779-2.4421	0.2099	283	0.1681	3446	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4421-2.5138	0.1971	280	0.1737	3421	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5138-2.5948	10000000	0	0.1692	3768	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5948-2.6873	0.2026	283	0.1706	3462	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6873-2.7946	0.2025	281	0.1628	3484	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7946-2.9214	10000000	0	0.1675	3766	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9214-3.0749	0.2088	280	0.1722	3468	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0749-3.2668	0.1822	282	0.1596	3473	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2668-3.5177	10000000	0	0.1528	3796	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5177-3.8693	0.1569	282	0.1488	3480	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8693-4.4238	0.1488	283	0.1335	3523	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4238-5.5532	10000000	0	0.1408	3818	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5532-19.8293	0.2045	284	0.1864	3607	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7971	0.0847	0.0065	0.9756	-0.0776	0.9246	-0.0119	-0.066	-0.0702	0.0788	-0.0173	0.0392	0.1123	-0.0227	0.0274	0.077	0.0043	0.0122	0.0715	-0.0003	0.0605	-22.1256	11.5656	27.2932
2	1.1341	-0.3946	-0.131	1.2552	-0.0444	0.579	-0.0004	0.0071	0.1518	-0.0374	0.0127	0.0006	-0.0752	-0.0223	-0.0099	0.0658	0.0084	-0.0154	0.0669	-0.0029	0.079	-31.2831	51.2431	15.6453
3	0.7594	0.0857	0.091	1.0774	0.1365	0.9371	-0.0162	-0.0338	0.0988	0.0492	-0.0127	-0.0713	-0.0955	0.0382	0.0239	0.0692	0.0076	-0.0049	0.0618	0.0041	0.0886	5.7745	44.3355	26.9085
4	1.0615	-0.234	0.1268	1.1105	0.0657	0.4133	0.0171	0.0187	-0.0646	-0.037	-0.0027	-0.0661	0.0482	0.0144	-0.0129	0.0732	0.0163	0.0113	0.0767	-0.0014	0.0499	14.8393	4.813	15.5853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:320)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:321)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:317)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:321)

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