PDB-5tnk: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tnk

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted 1,2-Epoxyoctane hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES024806	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tnk.cif.gz	493 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tnk.ent.gz	404.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dno-2 5tnl-1 5tnm-2 5tnn-1 4dno-1 5tnr-1 5tnh-1 5o2i-d 5tnr-2 5tnm-1 5tni-1 6kxr-2 4ehb-1 3aio-3 5tng-1 3kd2-2 5tnq-2 4eus-1 5hkb-1 4eus-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.207, 84.093, 89.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-745- HOH
2	1	A-778- HOH
3	1	D-816- HOH

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7F2 / (2R)-octane-1,2-diol / (R)-1,2-オクタンジオ-ル分子量: 146.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.0781 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→19.696 Å / Num. obs: 146707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.52 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 23.14
反射シェル	解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 7.43 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.64 / CC_1/2: 0.918 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	March 30, 2013	データ削減
XDS	July 4, 2012	データスケーリング
PHENIX	(1.10_2155: ???)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.65→19.696 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1757	7340	5 %
R_work	0.1511	-	-
obs	0.1523	146702	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.696 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9417	0	36	1227	10680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9831
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.81	13343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.084	5779
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6687	0.2282	367	0.184	4429	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6687-1.6884	10000000	0	0.1797	4897	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6884-1.7089	0.2099	367	0.1679	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7089-1.7306	0.1905	367	0.1674	4492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7306-1.7533	10000000	0	0.1654	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7533-1.7773	0.1982	367	0.1605	4508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7773-1.8027	0.1931	367	0.1566	4497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8027-1.8296	10000000	0	0.1619	4887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8296-1.8582	0.1974	367	0.1643	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8582-1.8886	0.2099	367	0.1649	4533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8886-1.9211	10000000	0	0.157	4868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9211-1.956	0.1611	367	0.1514	4503	X-RAY DIFFRACTION	100
1.956-1.9936	0.198	367	0.1534	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9936-2.0343	10000000	0	0.1557	4845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0343-2.0785	0.1811	367	0.1522	4567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0785-2.1268	0.1788	367	0.1483	4495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1268-2.1799	10000000	0	0.1511	4884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1799-2.2387	0.18	367	0.1509	4562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2387-2.3045	0.175	367	0.1527	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3045-2.3788	10000000	0	0.1479	4906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3788-2.4636	0.1716	367	0.1525	4521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4636-2.5621	0.1733	367	0.157	4525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5621-2.6784	10000000	0	0.1539	4887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6784-2.8193	0.1646	367	0.1479	4534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8193-2.9953	0.1743	367	0.1578	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9953-3.2257	10000000	0	0.1547	4928	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2257-3.5486	0.1602	367	0.1414	4533	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5486-4.0581	0.1478	367	0.1414	4567	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0581-5.0981	10000000	0	0.1257	4949	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0981-19.6972	0.181	367	0.1544	4663	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7445	0.046	0.1405	0.6741	0.0514	0.6366	0.0122	-0.1069	-0.0783	0.0575	-0.0172	0.0489	0.0809	-0.0478	0.0073	0.0803	0.0004	0.0074	0.0934	0.0128	0.0621	62.1451	54.206	27.3236
2	1.0535	-0.379	-0.014	1.1308	-0.0724	0.5207	-0.0176	0.0137	0.1495	-0.0401	0.0132	0.043	-0.0832	-0.0279	0.0034	0.0852	0.0133	-0.022	0.0784	0.0041	0.1075	53.243	93.3854	15.6409
3	0.6504	0.0643	0.0252	0.8481	0.0492	0.6594	0.0034	-0.0528	0.117	0.0369	-0.0209	-0.0854	-0.0771	0.0357	0.0174	0.0797	0.0046	0.0028	0.0822	-0.0051	0.1004	89.9521	86.2111	26.9233
4	1.0012	-0.2923	-0.0661	0.9668	0.1469	0.4971	0.0264	0.0409	-0.0412	-0.0207	-0.0136	-0.1063	0.0419	0.0156	-0.0104	0.0816	0.019	0.0078	0.0837	-0.0017	0.06	98.8272	46.9979	15.7291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 25:325 )	A	25 - 325
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 25:317 )	B	25 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 26:317 )	C	26 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 25:325 )	D	25 - 325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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