PDB-5tne: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tne

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted cis-Stilbene Oxide hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
Cystic Fibrosis Foundation		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)		米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)		米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)		米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)		米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tne.cif.gz	494.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tne.ent.gz	406.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S 4dmc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hkb-1 5hk9-1 4dmk-2 3kda-2 4dnf-1 4dm7-1 4dm7-2 5hkb-2 5tnm-1 5tni-2 4dmh-2 3pi6-1 5hka-2 4dln-2 5tnn-2 5tnf-1 4dmh-1 4dmc-1 5tnd-2 5tnj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.944, 83.690, 89.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-627- HOH
2	1	D-684- HOH

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7F6 / (1R,2R)-1,2-diphenylethane-1,2-diol / cis-stilbene epoxide, bound form / (1R,2R)-1,2-ジフェニル-1,2-エタンジオ-ル分子量: 214.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	7F6 is the bound form ( covalently linked via OD1 atom of ASP 129 of CIF) of cis-Stilbene epoxide

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→36.554 Å / Num. obs: 122215 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.94 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 19.62
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.91 % / R_merge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS	Dec 6, 2010	データ削減
XDS	Dec 6, 2010	データスケーリング
PHENIX	1.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.75→36.554 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1835	6090	4.98 %
R_work	0.1504	-	-
obs	0.1521	122201	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9472	0	30	1112	10614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	13513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.454	5855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1779

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2413	304	0.1922	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7699-1.7907	10000000	0	0.1931	3983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7907-1.8125	0.2385	305	0.1914	3725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8125-1.8355	0.258	305	0.1876	3774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8355-1.8596	10000000	0	0.1888	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8596-1.8851	0.2325	304	0.1784	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.912	0.2002	305	0.1661	3786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.9406	10000000	0	0.1591	4031	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9406-1.9709	0.2058	305	0.1609	3718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0032	0.1978	304	0.1593	3775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0378	10000000	0	0.16	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.0748	0.1887	305	0.1541	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1147	0.2093	305	0.1492	3722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1147-2.1579	10000000	0	0.1521	4069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1579-2.2048	0.1799	302	0.1553	3756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2561	0.1948	305	0.1501	3761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2561-2.3125	10000000	0	0.1512	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.375	0.1852	305	0.1479	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4449	0.1955	305	0.1559	3744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4449-2.5238	10000000	0	0.1559	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5238-2.6139	0.1917	304	0.153	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6139-2.7186	0.1737	303	0.1518	3770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7186-2.8422	10000000	0	0.1512	4087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8422-2.992	0.1952	305	0.1582	3771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.992-3.1794	0.1868	305	0.1546	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1794-3.4247	10000000	0	0.1399	4093	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4247-3.769	0.1516	305	0.1331	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.769-4.3137	0.1444	304	0.1284	3802	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3137-5.4319	10000000	0	0.1216	4115	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4319-36.5618	0.1646	305	0.1565	3895	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.745	-0.0693	0.0768	0.6402	0.0197	0.7303	0.0177	0.0753	-0.0799	-0.0531	-0.024	-0.0411	0.0885	0.032	0.0067	0.0955	-0.0025	0.0012	0.1013	-0.0108	0.097	21.8782	12.1967	-27.2866
2	0.9815	0.3269	0.0214	0.9229	0.1835	0.4853	-0.0183	-0.0026	0.1332	0.0398	0.0205	-0.0765	-0.0796	0.0342	-0.0022	0.0945	-0.0164	-0.0225	0.0941	-0.0039	0.1504	30.9218	51.6794	-15.5563
3	0.693	-0.0412	0.0411	0.7285	-0.0376	0.7016	0.0145	0.0328	0.1217	-0.0352	-0.0339	0.0664	-0.0949	-0.0244	0.0198	0.1012	-0.0015	-0.0015	0.0993	0.0048	0.1426	-5.8347	44.9214	-27.0694
4	0.8898	0.1943	-0.0818	0.8432	-0.1351	0.4424	0.0102	-0.0437	-0.0532	0.0076	-0.007	0.0825	0.046	-0.0075	-0.0034	0.0999	-0.0231	0.0021	0.1115	0.0043	0.0924	-14.834	5.3179	-15.6887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:321)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:320)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:321)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:320)

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