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Yorodumi- PDB-5tne: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tne | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted cis-Stilbene Oxide hydrolysis intermediate | ||||||||||||||||||
Components | CFTR inhibitory factor | ||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Hvorecny, K.L. / Madden, D.R. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, 5items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2017 Title: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase. Authors: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tne.cif.gz | 494.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tne.ent.gz | 406.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tne.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tne | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5tndC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34163.715 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E153Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (bacteria) Strain: UCBPP-PA14 / Gene: PA14_26090 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | 7F6 is the bound form ( covalently linked via OD1 atom of ASP 129 of CIF) of cis-Stilbene epoxide | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→36.554 Å / Num. obs: 122215 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.94 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 19.62 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.8 Å / Redundancy: 3.91 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KD2 Resolution: 1.75→36.554 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 18
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→36.554 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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