PDB-3kda: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H269...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kda

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H269A mutation

要素

CFTR inhibitory factor (Cif)

キーワード

HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator inhibitory factor Cif reveals novel active-site features of an epoxide hydrolase virulence factor.
著者: Bahl, C.D. / Morisseau, C. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / O'Toole, G.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2009年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月12日	Group: Other
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kda.cif.gz	479.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kda.ent.gz	392.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kda.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kda	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kd2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pi6-2 3rno-2 5tne-2 5jyc-2 4dln-1 5tng-2 5gw8-d 5tnd-2 3go7-1 5tns-1 3s42-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

D: CFTR inhibitory factor (Cif)

C: CFTR inhibitory factor (Cif)

A: CFTR inhibitory factor (Cif)

B: CFTR inhibitory factor (Cif)

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: CFTR inhibitory factor (Cif)

C: CFTR inhibitory factor (Cif)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CFTR inhibitory factor (Cif)

B: CFTR inhibitory factor (Cif)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.960, 83.640, 88.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor (Cif) 分子量: 34097.633 Da / 分子数: 4 / 変異: H269A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Secreted protein 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 株: PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pDMP77 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG 8000, 0.55M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9464 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月27日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9464 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→45.98 Å / Num. all: 193185 / Num. obs: 192680 / % possible obs: 99.7 % / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 22.59
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.25 / R_sym value: 0.314 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: initial model obtained from SAD with selenomethionine labeled Cif

解像度: 1.5→30.722 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.38 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	9636	5 %
R_work	0.169	183037	-
obs	0.17	192673	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.589 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.76 Å² / B_iso mean: 14.536 Å² / B_iso min: 3.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.722 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9512	0	0	1111	10623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	13397
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.094	3541
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1376
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.2192	308	0.1996	6073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.517-1.5349	0.2391	331	0.1962	6085	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5536	0.1954	302	0.1877	6080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5733	0.1952	309	0.1778	6065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.1994	344	0.1733	6082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.1863	306	0.175	6086	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.1971	309	0.1735	6115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.1978	355	0.1677	6033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6893	0.1932	322	0.1722	6069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6893-1.717	0.186	355	0.1656	6077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.717-1.7466	0.1901	335	0.1673	6078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7466-1.7784	0.1918	281	0.165	6138	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.1832	352	0.1611	6059	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.1847	333	0.1628	6111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8898	0.1963	330	0.1661	6050	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8898-1.9338	0.1845	350	0.1657	6071	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9821	0.1981	324	0.1677	6038	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9821-2.0357	0.1671	324	0.161	6157	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.0956	0.1766	327	0.1595	6080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0956-2.1632	0.1855	323	0.1592	6075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1632-2.2405	0.1851	293	0.1602	6125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2405-2.3302	0.1657	311	0.1604	6117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3302-2.4362	0.1723	292	0.1671	6137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4362-2.5646	0.1686	299	0.1675	6121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5646-2.7252	0.1704	313	0.1685	6132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7252-2.9354	0.1914	335	0.1716	6111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9354-3.2305	0.1928	320	0.172	6155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2305-3.6973	0.158	311	0.152	6156	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6973-4.6556	0.1461	334	0.1417	6149	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6556-30.7281	0.153	308	0.1707	6212	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4822	-0.1588	-0.0916	0.2073	0.1079	0.1786	-0.021	0.0319	-0.0406	0.0103	0.0091	-0.0218	0.0153	-0.0031	0.0103	0.0173	0.0237	0.0067	0.0368	-0.0035	0.0507	14.6798	-5.8001	15.6305
2	0.0891	0.0196	0.0045	0.3528	-0.0625	0.3155	0.0151	0.0022	0.0157	0.0321	-0.0268	-0.0467	-0.0367	0.0203	0.0128	0.0272	0.0065	-0.0055	0.0343	-0.0046	0.0768	5.9844	33.8714	27.0672
3	0.0971	0.0678	0.0295	0.3368	0.1127	0.3206	0.0031	-0.0131	0.0246	0.0383	-0.028	0.0371	0.0382	-0.0215	0.0223	0.0209	0.0029	0.0145	0.0383	0.0038	0.046	-22.0941	0.6033	27.1173
4	0.4851	-0.4255	0.1105	0.2401	-0.0599	0.254	-0.0381	-0.0166	0.057	-0.012	0.027	-0.0073	-0.0364	-0.0212	0.013	0.0241	0.0186	-0.0161	0.0285	-0.0053	0.0981	-30.9706	40.2725	15.4238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:319)	D	25 - 319
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:319)	C	25 - 319
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:319)	A	25 - 319
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:319)	B	25 - 319

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