PDB-5tnd: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tnd

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted 1,2-Epoxycyclohexane hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
Cystic Fibrosis Foundation		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)		米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)		米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)		米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)		米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tnd.cif.gz	499.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tnd.ent.gz	410.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tnf-1 3aio-4 4ehb-2 5tni-2 5jyc-1 4dmc-1 4dmk-1 3o1n-d 1sfr-5 4dno-1 5hk9-2 5tni-1 4cno-2 5tnq-2 5tnh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.339, 83.926, 89.287
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-808- HOH
2	1	A-756- HOH
3	1	A-769- HOH

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-40O / (1R,2R)-cyclohexane-1,2-diol / (1R,2R)-1,2-シクロヘキサンジオ-ル分子量: 116.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-3ZQ / (1S,2S)-cyclohexane-1,2-diol / 1α,2β-シクロヘキサンジオ-ル分子量: 116.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→46.105 Å / Num. obs: 176815 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.54 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.19
反射シェル	解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 5.55 % / R_merge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	Dec 6, 2010	データ削減
XDS	Dec 6, 2010	データスケーリング
PHENIX	1.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.55→46.105 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	8839	5 %
R_work	0.1502	-	-
obs	0.1513	176807	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9492	0	56	1211	10759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.848	13703
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.183	5932
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1800

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.219	442	0.1844	5473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5676-1.5861	10000000	0	0.1749	5821	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5861-1.6054	0.1987	442	0.1683	5430	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6054-1.6257	0.1968	442	0.1732	5495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6257-1.6471	10000000	0	0.1741	5869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6471-1.6697	0.2179	442	0.1663	5368	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6697-1.6935	0.1957	442	0.1596	5409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6935-1.7188	10000000	0	0.1599	5923	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7188-1.7457	0.1927	442	0.1571	5449	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7457-1.7743	0.1916	442	0.154	5429	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.8049	10000000	0	0.1512	5870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.8377	0.1749	442	0.1489	5404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8377-1.8731	0.1815	442	0.1524	5421	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8731-1.9113	10000000	0	0.157	5895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9113-1.9528	0.1687	442	0.1518	5457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9528-1.9983	0.1805	442	0.1581	5453	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9983-2.0482	10000000	0	0.1481	5886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0482-2.1036	0.1562	442	0.1432	5414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1036-2.1655	0.1766	442	0.1445	5415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1655-2.2354	10000000	0	0.1515	5941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2354-2.3153	0.1794	442	0.1479	5424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3153-2.408	0.1734	442	0.1503	5499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.408-2.5176	10000000	0	0.1586	5833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5176-2.6503	0.1826	442	0.156	5466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6503-2.8163	0.1847	441	0.1506	5465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8163-3.0338	10000000	0	0.1576	5945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0338-3.339	0.1533	442	0.1503	5467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.339-3.8219	0.1451	442	0.1368	5519	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8219-4.8144	10000000	0	0.126	5937	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8144-46.1256	0.1717	442	0.1494	5591	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.546	-0.0154	0.0032	0.7689	-0.0543	0.5922	0.0148	0.0372	0.1046	-0.0397	-0.0292	0.078	-0.0859	-0.0183	0.0137	0.0879	-0.0049	0.0015	0.0855	0.0028	0.11	-5.6822	29.6234	-27.1567
2	0.9177	0.2356	-0.0624	0.8464	-0.1737	0.497	0.0209	-0.0468	-0.0475	0.0118	-0.0117	0.0885	0.048	-0.0133	-0.0057	0.0801	-0.0209	0.0067	0.0855	0.0008	0.0652	-14.8531	-9.8752	-15.7201
3	0.5911	-0.014	0.113	0.5584	0.0008	0.5826	0.0116	0.0721	-0.0697	-0.051	-0.0171	-0.0408	0.0809	0.0272	0.0063	0.082	-0.0038	0.0047	0.0859	-0.0089	0.0676	22.0807	-2.6638	-27.3206
4	0.9372	0.2521	0.0042	0.9995	0.1056	0.4792	-0.0153	-0.0157	0.1514	0.0387	0.01	-0.0526	-0.0883	0.0327	0.0041	0.0874	-0.0171	-0.021	0.0767	-0.0023	0.1125	31.1612	36.8563	-15.5474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN C AND RESID 25:321 )	C	25 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN D AND RESID 25:321 )	D	25 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 25:321 )	A	25 - 321
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 25:321 )	B	25 - 321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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