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Yorodumi- PDB-4dno: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dno | ||||||
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Title | Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153Q mutation adducted with the 1,2-epoxyhexane hydrolysis intermediate | ||||||
Components | Putative hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase covalently adducted with the 1 / 2-epoxyhexane hydrolysis intermediate / secreted | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Bahl, C.D. / Patankar, Y.R. / Madden, D.R. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2016 Title: Visualizing the Mechanism of Epoxide Hydrolysis by the Bacterial Virulence Enzyme Cif. Authors: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Morisseau, C. / Gerber, S.A. / Madden, D.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dno.cif.gz | 480.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dno.ent.gz | 395.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dno.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dno | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4dmcC 4dnfC 4ehbC 4eusC 3kd2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34163.715 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Cif (UNP Residues 25-319) / Mutation: E153Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: UCBPP-PA14 / Gene: PA14_26090 / Plasmid: pMQ70 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS #2: Chemical | ChemComp-7FB / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.01M 1,2-epoxyhexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 1.2006 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2011 / Details: Toroidal focusing mirror |
Radiation | Monochromator: Si(111) channel cut monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2006 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→46.01 Å / Num. obs: 88446 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.8 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 11.68 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Num. unique all: 24024 / Rsym value: 0.394 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2 Resolution: 1.95→46.008 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.367 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→46.008 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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