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Yorodumi- PDB-4yx9: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to tira... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yx9 | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to tiratricol | |||||||||||||||
Components | CFTR inhibitory factor | |||||||||||||||
Keywords | Hydrolase/Hydrolase inhibitor / inhibitor / enzyme / Cif / CFTR / epoxide hydrolase / alpha beta hydrolase / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | |||||||||||||||
Authors | Bahl, C.D. / Madden, D.R. | |||||||||||||||
Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2015 Title: Inhibiting an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa Protects CFTR. Authors: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yx9.cif.gz | 487.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yx9.ent.gz | 398.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yx9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4yx9_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4yx9_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 4yx9_validation.xml.gz | 54.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4yx9_validation.cif.gz | 80.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yx9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4dlnC 4dm7C 4dmfC 4dmhC 4dmkC 3kd2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34164.699 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 25-319 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (bacteria) Strain: UCBPP-PA14 / Gene: PA14_26090 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0M3KL26*PLUS #2: Chemical | ChemComp-4HY / [ #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 15% [wt/vol] PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.0002M [4-(4-hydroxy-3-iodophenoxy)-3,5-diiodophenyl]acetic acid, 0.2% [vol/vol] dimethyl sulfoxide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2012 / Details: Toroidal focusing mirror |
Radiation | Monochromator: Si(111) channel cut monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→42.23 Å / Num. obs: 124414 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.2 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.8 Å / Redundancy: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KD2 Resolution: 1.75→42.226 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 17.24 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.7 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→42.226 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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