PDB-4dmk: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the Y239...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dmk

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the Y239F mutation

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Inhibiting an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa Protects CFTR.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dmk.cif.gz	487.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dmk.ent.gz	399.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dlnC 4dm7C 4dmfC 4dmhC 4yx9C 3kd2S 3kda 3pi6 4dmc 4dnf 4dno S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tnq-2 4dmc-1 5tnk-2 5tni-1 5hk9-2 5hk9-1 4yx9-2 5tnm-1 5tnm-2 5jyc-1 4eus-2 5tnl-1 4eus-1 4dno-1 7clz-2 3r40-d 5tnn-1 5tnr-1 5tnd-1 3pi6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.678, 84.032, 89.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-698- HOH

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 34148.699 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: Y239F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15.5% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月10日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.186 Å / Num. obs: 190252 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.61 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 152657 / R_sym value: 0.302 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 1.5→46.186 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	9495	4.99 %
R_work	0.1629	-	-
obs	0.1639	190239	97.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.636 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0515 Å²	-0 Å²	0.0511 Å²
2-	-	-0.7406 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.7921 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.186 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9468	0	24	1250	10742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9897
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.069	13436
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.756	3632
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1770

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.2212	469	0.1894	5732	X-RAY DIFFRACTION	96
1.517-1.5349	10000000	0	0.1817	6197	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5349-1.5536	0.2093	474	0.1766	5748	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5536-1.5733	0.1975	466	0.1697	5786	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5733-1.594	10000000	0	0.165	6233	X-RAY DIFFRACTION	96
1.594-1.6158	0.2011	467	0.1612	5758	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6158-1.6389	0.1849	456	0.1591	5773	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6389-1.6634	10000000	0	0.156	6285	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6634-1.6894	0.1808	473	0.1502	5783	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6894-1.7171	0.1804	470	0.1558	5819	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7171-1.7467	10000000	0	0.1586	6319	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7467-1.7784	0.202	479	0.1607	5798	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7784-1.8126	0.1937	473	0.1526	5794	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8126-1.8496	10000000	0	0.155	6341	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8496-1.8899	0.185	472	0.1564	5843	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8899-1.9338	0.1767	476	0.1552	5852	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9338-1.9822	10000000	0	0.1546	6300	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9822-2.0358	0.1808	477	0.154	5880	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0358-2.0957	0.1799	475	0.1541	5913	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0957-2.1633	10000000	0	0.1491	6358	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1633-2.2406	0.1725	476	0.152	5933	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2406-2.3304	0.1694	476	0.1495	5877	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3304-2.4364	10000000	0	0.1559	6414	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4364-2.5648	0.1779	483	0.1592	5942	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5648-2.7255	0.1755	475	0.1618	5934	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7255-2.9359	10000000	0	0.1594	6478	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9359-3.2313	0.1868	489	0.1627	5989	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2313-3.6987	0.1595	489	0.1445	6001	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6987-4.6593	10000000	0	0.1335	6520	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6593-46.2074	0.1395	480	0.1586	6144	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.32	0.0156	0.0379	0.4569	0.013	0.3883	-0.0053	-0.0221	0.0533	0.0334	-0.0088	-0.056	-0.0499	0.0057	-0	0.0344	0.005	-0.0022	0.0302	-0.0059	0.0441	5.7138	29.9198	26.9823
2	0.5841	-0.125	0.0194	0.4971	0.1265	0.2522	0.0193	0.0151	-0.0295	-0.0098	-0.0022	-0.0633	0.0258	0.0102	0	0.037	0.0169	0.0049	0.041	-0.0006	0.0246	14.7027	-9.7387	15.6766
3	0.3954	-0.0021	0.0452	0.3607	0.0885	0.3863	-0.0041	-0.0535	-0.038	0.0425	-0.0102	0.0367	0.0572	-0.0176	-0	0.0361	0.0034	0.0101	0.0375	0.0119	0.0176	-21.986	-2.9665	27.2378
4	0.5987	-0.1914	-0.034	0.525	-0.0891	0.2289	-0.0095	0.0095	0.1003	-0.0285	0.0029	0.0056	-0.0326	-0.0083	0	0.0316	0.0124	-0.0158	0.0254	-0.0021	0.0494	-31.0606	36.6377	15.7294

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:320)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:321)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:321)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:320)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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