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- PDB-4dnf: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dnf | ||||||
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Title | Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153Q mutation adducted with the epibromohydrin hydrolysis intermediate | ||||||
![]() | Putative hydrolase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bahl, C.D. / Madden, D.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Visualizing the Mechanism of Epoxide Hydrolysis by the Bacterial Virulence Enzyme Cif. Authors: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Morisseau, C. / Gerber, S.A. / Madden, D.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 470.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 400.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 324 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 329.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4dmcC ![]() 4dnoC ![]() 4ehbC ![]() 4eusC ![]() 3kd2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 34163.715 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Cif (UNP Residues 25-319) / Mutation: E153Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EBH / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.94 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.01M epibromohydrin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2008 / Details: Toroidal focusing mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→46.14 Å / Num. obs: 112816 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.1 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.87 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.97 Å / Redundancy: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.77 / Num. unique all: 110996 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2 Resolution: 1.8→38.541 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.6 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.966 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→38.541 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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