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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dnf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153Q mutation adducted with the epibromohydrin hydrolysis intermediate | ||||||
要素 | Putative hydrolase加水分解酵素 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / covalently adducted with the epibromohydrin hydrolysis intermediate / secreted (分泌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bahl, C.D. / Madden, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Visualizing the Mechanism of Epoxide Hydrolysis by the Bacterial Virulence Enzyme Cif. 著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Morisseau, C. / Gerber, S.A. / Madden, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dnf.cif.gz | 475.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dnf.ent.gz | 389.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dnf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dnf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-EBH / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.01M epibromohydrin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8984 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日 / 詳細: Toroidal focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→46.14 Å / Num. obs: 112816 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.87 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.97 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.77 / Num. unique all: 110996 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2 解像度: 1.8→38.541 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.966 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.541 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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