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- PDB-5k3e: Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Asp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k3e
タイトルCrystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Asp110Asn/Glycolate - Cocrystallized
要素Fluoroacetate dehalogenaseHaloacetate dehalogenase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Homodimer / Dehalogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


haloacetate dehalogenase / haloacetate dehalogenase activity / epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グリコール酸 / Fluoroacetate dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Mehrabi, P. / Kim, T.H. / Prosser, S.R. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: The role of dimer asymmetry and protomer dynamics in enzyme catalysis.
著者: Kim, T.H. / Mehrabi, P. / Ren, Z. / Sljoka, A. / Ing, C. / Bezginov, A. / Ye, L. / Pomes, R. / Prosser, R.S. / Pai, E.F.
履歴
登録2016年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluoroacetate dehalogenase
B: Fluoroacetate dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2925
ポリマ－68,1452
非ポリマー1473
水11,674648
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.880, 78.990, 84.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fluoroacetate dehalogenase / Haloacetate dehalogenase


分子量: 34072.676 Da / 分子数: 2 / 変異: D110N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA1163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NAM1, haloacetate dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸 / グリコール酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350 19-22%, 200mM Calcium chloride, 100mM Tris HCL pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→19.8 Å / Num. obs: 78608 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R3U

3r3u


解像度: 1.54→19.776 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 3942 5.01 %
Rwork0.1658 --
obs0.1676 78608 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.89 Å2 / Biso mean: 16.0274 Å2 / Biso min: 4.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→19.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4653 0 7 648 5308
Biso mean--16.07 24.92 -
残基数----589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0184856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7916620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7431743
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.54-1.55880.44361100.44872132224279
1.5588-1.57850.30091220.28812407252990
1.5785-1.59930.25311500.202626862836100
1.5993-1.62120.25621460.185827132859100
1.6212-1.64430.21991380.183726552793100
1.6443-1.66890.20921440.180327042848100
1.6689-1.69490.22761430.182726452788100
1.6949-1.72270.24141300.172527032833100
1.7227-1.75240.2521290.180327272856100
1.7524-1.78420.20121280.170926832811100
1.7842-1.81850.24141480.170127182866100
1.8185-1.85560.20241340.160826812815100
1.8556-1.89590.23011390.162227012840100
1.8959-1.940.21271320.163226832815100
1.94-1.98850.23021310.168127392870100
1.9885-2.04220.19081440.164826502794100
2.0422-2.10220.22331420.168227272869100
2.1022-2.170.19371490.163526732822100
2.17-2.24740.21781350.161827102845100
2.2474-2.33730.20771550.168326992854100
2.3373-2.44350.20151590.163326782837100
2.4435-2.57210.20341700.162726642834100
2.5721-2.73280.20511420.167827052847100
2.7328-2.94320.21481490.17827062855100
2.9432-3.23820.20941560.160927032859100
3.2382-3.70410.18181400.151227242864100
3.7041-4.65670.14041380.127527352873100
4.6567-19.77740.1561390.15332715285498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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