PDB-3lxj: Crystal Structure of the Bromodomain of Human AAA domain containi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lxj

タイトル

Crystal Structure of the Bromodomain of Human AAA domain containing 2B (ATAD2B)

要素

ATPase family AAA domain-containing protein 2B

キーワード

HYDROLASE / ATPase family / AAA domain containing 2B / ATAD2B / bromodomain / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleosome disassembly / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / : / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.

履歴

登録	2010年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lxj.cif.gz	225.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lxj.ent.gz	185 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nxbSC 2oo1SC 2ossSC 2ouoSC 2rfjSC 3d7cSC 3daiSC 3dwySC 3gg3C 3hmeC 3hmfC 3hmhSC 3i3jC 3iu5C 3iu6C 3mb3C 3mb4C 3mqmC 3nxbC 3p1cC 3p1dC 3q2eC 3rcwC 3tlpC 3uv2C 3uv4C 3uv5C 3uvdC 3uvwC 3uvxC 3uvyC 3uw9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qxu-d 6p38-d 6p3a-2 6epj-d 6p3a-1 5r4w-d 5qxs-d 6hic-d 5qxm-d 4qsw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATPase family AAA domain-containing protein 2B

B: ATPase family AAA domain-containing protein 2B

C: ATPase family AAA domain-containing protein 2B

D: ATPase family AAA domain-containing protein 2B

ヘテロ分子

63.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ATPase family AAA domain-containing protein 2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ATPase family AAA domain-containing protein 2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ATPase family AAA domain-containing protein 2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ATPase family AAA domain-containing protein 2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.640, 79.640, 204.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
1	3	C
2	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	984
2	1	1	5	B	984
3	1	1	5	C	984
4	1	1	5	D	984
1	2	1	5	A	1004 - 1038
2	2	1	5	B	1004 - 1038
3	2	1	5	C	1004 - 1038
4	2	1	5	D	1004 - 1038
1	3	1	4	A	1051 - 1085
2	3	1	4	B	1051 - 1085
3	3	1	4	C	1051 - 1085
4	3	1	4	D	1051 - 1085
1	1	2	5	A	986 - 1002
2	1	2	5	B	986 - 1002
1	1	3	5	C	986 - 1002
2	1	3	5	D	986 - 1002

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	ATPase family AAA domain-containing protein 2B 分子量: 15834.093 Da / 分子数: 4 / 断片: Bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2B, KIAA1240 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q9ULI0
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% isopropanol 0.1M tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9204 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9204 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.512
1	1	-H-K, K, -L	2	0.488

反射

解像度: 2.327→40.81 Å / Num. all: 31225 / Num. obs: 31006 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

解像度: 2.34→2.46 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.653 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 56.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	37.09 Å
Translation	2.5 Å	37.09 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ensemble of 3DAI, 2NXB, 2OO1, 2OSS, 2OUO, 2RFJ, 3HMH, 3D7C, 3DWY

解像度: 2.33→40.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.482 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2534	1586	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21206	-	-	-
obs	0.21405	29113	98.99 %	-
all	-	31012	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.949 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→40.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4268	0	20	136	4424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.985	5863
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.865	3	7282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.799	5	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.432	24.493	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.461	15	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.132	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.856	3	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.21	3	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.906	5	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.334	8	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.558	11	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	650	medium positional	0.25	0.5
1	1	B	650	medium positional	0.32	0.5
1	1	C	650	medium positional	0.25	0.5
1	1	D	650	medium positional	0.29	0.5
2	2	A	100	medium positional	0.18	0.5
3	3	A	100	medium positional	0.18	0.5
1	1	A	252	loose positional	0.34	5
1	1	B	252	loose positional	0.32	5
1	1	C	252	loose positional	0.33	5
1	1	D	252	loose positional	0.31	5
2	2	A	69	loose positional	0.25	5
3	3	A	97	loose positional	0.32	5
1	1	A	650	medium thermal	0.86	2
1	1	B	650	medium thermal	0.85	2
1	1	C	650	medium thermal	0.9	2
1	1	D	650	medium thermal	0.87	2
2	2	A	100	medium thermal	0.42	2
3	3	A	100	medium thermal	0.68	2
1	1	A	252	loose thermal	1.06	10
1	1	B	252	loose thermal	0.91	10
1	1	C	252	loose thermal	1.07	10
1	1	D	252	loose thermal	0.94	10
2	2	A	69	loose thermal	0.49	10
3	3	A	97	loose thermal	0.89	10

LS精密化シェル

解像度: 2.334→2.395 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	116	-
R_work	0.341	2085	-
obs	-	-	97.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.0146	-3.7229	0.8665	2.8198	-0.8103	1.9754	0.045	0.1444	0.1654	-0.0319	-0.0085	-0.1735	0.0113	-0.0161	-0.0365	0.1709	-0.0606	-0.0297	0.2832	0.0011	0.1244	58.4204	33.3108	27.7725
2	5.8671	1.0994	-4.3035	2.4669	-6.2952	16.4929	-0.2819	-0.0431	-0.7969	-0.6528	-0.2939	-0.129	1.628	0.8399	0.5757	0.6238	0.0326	0.0132	0.5329	0.0118	0.5792	72.5006	11.0551	30.2142
3	1.7612	0.4716	-0.416	1.6485	-0.1503	1.9655	0.0101	-0.3979	-0.5419	0.2093	0.1328	-0.194	0.2964	0.066	-0.1428	0.1265	-0.0032	-0.0362	0.2089	0.0545	0.2582	64.6334	22.8589	35.386
4	10.9988	-1.4387	2.1349	2.6805	-0.8369	1.9741	-0.0706	-0.383	-0.1409	0.3492	0.0632	0.0832	-0.0902	-0.3125	0.0074	0.2465	-0.0077	-0.012	0.378	-0.0043	0.0924	56.0946	35.1603	37.6655
5	5.0873	5.0513	-1.1859	16.3318	-2.9903	3.2497	0.0908	-0.1177	0.0458	0.3231	-0.0227	-0.0716	0.1652	0.0279	-0.0681	0.2007	-0.0442	-0.0113	0.2603	0.0053	0.0767	58.7255	30.6798	68.1084
6	11.0626	-2.2239	1.5801	1.5231	-0.0287	8.001	-0.0343	-0.0134	0.7051	0.0539	0.0412	0.7307	-1.0712	-1.0121	-0.0069	0.571	-0.0209	0.0068	0.4243	0.0934	0.7824	48.6373	52.1587	63.5513
7	1.8501	0.401	-0.3733	4.2199	-0.7391	2.3031	-0.0031	0.1622	0.2966	-0.4135	0.1443	0.2264	0.0231	-0.0138	-0.1412	0.2278	-0.0773	-0.0342	0.24	0.0555	0.2319	56.5499	39.379	59.1836
8	4.2608	-0.1625	-15.3448	0.3652	-1.553	68.001	-0.599	0.1939	0.4279	0.1892	0.277	-0.3391	0.9633	-2.659	0.3221	0.7122	-0.084	-0.1978	0.8668	0.0697	0.5877	44.2333	18.5515	59.9076
9	4.0418	2.0585	-0.587	3.0665	-1.0682	3.8593	0.1475	-0.386	-0.1177	0.066	-0.043	0.1744	0.0304	-0.0455	-0.1046	0.1302	0.0612	-0.0105	0.1008	0.0113	0.0819	17.7569	34.827	47.7402
10	0.1994	1.395	1.0967	32.3638	6.5791	6.1162	-0.037	0.0191	-0.1898	-0.7619	1.0557	-1.9729	-0.4292	0.1155	-1.0188	0.5349	0.0124	-0.1459	0.5136	-0.0116	0.6132	31.069	54.5305	49.7166
11	2.6845	0.3349	-0.993	1.5899	-0.9642	2.1978	-0.0012	0.2155	-0.0049	-0.081	0.0561	0.1006	-0.0822	0.1108	-0.0549	0.1871	0.0877	-0.0361	0.2092	-0.0211	0.1094	23.0131	42.19	39.3218
12	18.1643	-4.6919	-1.4118	13.2614	-16.8113	24.5971	0.6506	-0.8665	3.1369	-0.5568	0.7306	0.0333	0.5445	-0.5222	-1.3811	0.6183	0.1521	-0.0276	0.9519	0.0084	0.8215	-1.6245	40.412	39.794
13	11.8984	-6.5039	-2.5056	12.6616	11.6578	12.1668	0.0578	0.0656	-0.2596	0.1705	0.4703	-0.4513	0.2843	0.466	-0.5281	0.6449	-0.0074	0.1017	0.631	-0.0303	0.6329	29.1311	15.5409	12.4339
14	0.9068	-0.3467	1.0969	3.1803	0.7341	2.2946	0.1044	0.0614	-0.1594	-0.3859	-0.1515	0.5094	-0.2364	-0.2789	0.0471	0.2714	0.0751	-0.0036	0.3456	-0.0097	0.2702	19.1838	37.1003	14.0515
15	10.2123	11.3043	-10.4132	12.8888	-12.2916	12.1809	-0.373	0.0001	0.1629	-0.2336	-0.0681	-0.1236	-0.045	0.1512	0.4411	0.5076	-0.0341	0.0406	0.6941	-0.0401	0.5664	31.5672	54.3342	12.3246
16	1.7929	-0.1918	0.2759	3.1666	0.9724	2.3802	-0.0167	-0.1464	-0.1309	0.1813	0.0736	-0.0795	-0.0776	0.0484	-0.0569	0.1373	0.0285	-0.0049	0.2869	0.0439	0.1017	25.4907	40.003	22.3064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	951 - 987
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	988 - 995
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	996 - 1048
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1049 - 1085
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	951 - 980
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	981 - 1003
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1004 - 1080
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1081 - 1085
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	951 - 984
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	985 - 991
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	992 - 1080
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	1081 - 1085
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	951 - 957
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	958 - 984
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	985 - 992
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	993 - 1084

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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