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- PDB-3ico: Crystal structure of 6-phosphogluconolactonase from Mycobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ico
タイトルCrystal structure of 6-phosphogluconolactonase from Mycobacterium tuberculosis
要素6-phosphogluconolactonase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Infectious Disease / NIAID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
6-Phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase, DevB-type / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2009年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconolactonase
B: 6-phosphogluconolactonase
C: 6-phosphogluconolactonase
D: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,05510
ポリマ－112,4794
非ポリマー5766
水8,935496
1
A: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2162
ポリマ－28,1201
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2162
ポリマ－28,1201
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3123
ポリマ－28,1201
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 6-phosphogluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3123
ポリマ－28,1201
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.301, 68.081, 73.542
Angle α, β, γ (deg.)108.500, 107.110, 104.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 246 / Label seq-ID: 24 - 267

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
6-phosphogluconolactonase / 6PGL


分子量: 28119.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed with a hexahis tag followed by 3C protease cleavage site. The affinity tag was not removed prior to crystallization.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pgl, devB, Rv1445c, MT1492, MTCY493.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P63338, UniProt: P9WQP5*PLUS, 6-phosphogluconolactonase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: JCSG condition H9, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350, 26.9 mg/mL protein, Crystal Tracking ID 202955h9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 48256 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 23.75
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique all: 4584 / Χ2: 1.055 / % possible all: 90.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.38 Å33.9 Å
Translation2.38 Å33.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VL1

1vl1


解像度: 2.15→33.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.174 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.853 / SU B: 5.067 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.294 / SU Rfree: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2412 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 48228 95.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.34 Å2 / Biso mean: 19.629 Å2 / Biso min: 4.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å21.06 Å2-0.39 Å2
2--0.41 Å20.05 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7208 0 30 496 7734
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2681.97410212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9795992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00824.23305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.203151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.511552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0225808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5021.54938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94327872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61532520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7494.52340
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A952MEDIUM POSITIONAL0.270.5
B952MEDIUM POSITIONAL0.210.5
C952MEDIUM POSITIONAL0.230.5
D952MEDIUM POSITIONAL0.230.5
A778LOOSE POSITIONAL0.415
B778LOOSE POSITIONAL0.385
C778LOOSE POSITIONAL0.395
D778LOOSE POSITIONAL0.475
A952MEDIUM THERMAL0.982
B952MEDIUM THERMAL1.042
C952MEDIUM THERMAL1.022
D952MEDIUM THERMAL0.742
A778LOOSE THERMAL1.0210
B778LOOSE THERMAL1.0310
C778LOOSE THERMAL1.0310
D778LOOSE THERMAL0.910
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 182 -
Rwork0.2 3174 -
all-3356 -
obs--88.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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