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- PDB-5hpj: Photobacterium profundum alpha-carbonic anhydrase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hpj
タイトルPhotobacterium profundum alpha-carbonic anhydrase
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / carbonic anhydrase / psychrophile / alpha class
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. ...Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium profundum SS9 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Somalinga, V. / Buhrman, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1332341 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: A High-Resolution Crystal Structure of a Psychrohalophilic alpha-Carbonic Anhydrase from Photobacterium profundum Reveals a Unique Dimer Interface.
著者: Somalinga, V. / Buhrman, G. / Arun, A. / Rose, R.B. / Grunden, A.M.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3233
ポリマ－24,2221
非ポリマー1012
水6,161342
1
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6466
ポリマ－48,4442
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.461, 60.461, 95.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

CL

-
要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase


分子量: 24221.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium profundum SS9 (バクテリア)
株: SS9 / 遺伝子: EBIG1812, PBPRA3376 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6LM17
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月29日
放射モノクロメーター: bending magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 33011 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 11.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.256 / Χ2: 1.302 / Net I/av σ(I): 23.707 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 260731
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.5-1.536.416340.4080.850.756100
1.53-1.556.516200.5590.6430.806100
1.55-1.586.716220.6860.6410.829100
1.58-1.626.916170.8360.540.867100
1.62-1.657.116330.8060.5650.858100
1.65-1.697.316350.8250.5050.873100
1.69-1.737.516310.7340.5120.916100
1.73-1.787.716300.8360.440.992100
1.78-1.837.716360.9070.3931.104100
1.83-1.897.916300.9680.3231.1471000.8460.906
1.89-1.968.116240.970.2691.2711000.7210.771
1.96-2.048.216350.9690.2121.2951000.5730.611
2.04-2.138.416530.9790.1931.4641000.5320.566
2.13-2.248.816480.9830.181.5071000.5140.545
2.24-2.388.716500.9810.1581.5971000.4470.475
2.38-2.568.816660.9920.1261.5711000.3630.385
2.56-2.828.816670.9930.0931.7221000.270.286
2.82-3.238.916670.9960.0631.7671000.1840.195
3.23-4.078.817170.9970.0381.9411000.110.116
4.07-508.317960.9980.031.899.60.0860.091

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C3T

4c3t


解像度: 1.5→28.82 Å / FOM work R set: 0.9067 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1678 2006 6.08 %Random
Rwork0.1389 30963 --
obs0.1406 32969 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.69 Å2 / Biso mean: 16.09 Å2 / Biso min: 6.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→28.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1707 0 2 342 2051
Biso mean--10.39 24.97 -
残基数----217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3582413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.25649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5003-1.53780.2681410.199621952336
1.5378-1.57940.22891380.172421612299
1.5794-1.62590.19421450.165521702315
1.6259-1.67830.21141450.155122032348
1.6783-1.73830.19561420.154721782320
1.7383-1.80790.17531410.14321622303
1.8079-1.89020.18241400.13622162356
1.8902-1.98980.16491410.131821732314
1.9898-2.11440.17441430.131422262369
2.1144-2.27760.16841370.130722042341
2.2776-2.50670.16381450.130322212366
2.5067-2.86920.16651440.134522312375
2.8692-3.61370.14441460.132122602406
3.6137-28.82530.14381580.134523632521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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