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- PDB-3hd0: Crystal structure of Tm1865, an Endonuclease V from Thermotoga Ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hd0
タイトルCrystal structure of Tm1865, an Endonuclease V from Thermotoga Maritima
要素Endonuclease V
キーワードHYDROLASE / structural genomics / ISFI / RNaseH SUPERFAMILY / Endonuclease V / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / Cytoplasm / DNA damage / DNA repair / Endonuclease / Magnesium / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / single-stranded RNA binding / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Utepbergenov, D. / Cooper, D.R. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Tm1865, an Endonuclease V from Thermotoga Maritima
著者: Utepbergenov, D. / Cooper, D.R. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease V
B: Endonuclease V
D: Endonuclease V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9963
ポリマ－81,9963
非ポリマー00
水3,981221
1
A: Endonuclease V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3321
ポリマ－27,3321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endonuclease V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3321
ポリマ－27,3321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Endonuclease V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3321
ポリマ－27,3321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.571, 71.966, 120.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease V / Deoxyinosine 3'endonuclease / Deoxyribonuclease V / DNase V


分子量: 27332.053 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: nfi, TM_1865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X2H9, deoxyribonuclease V
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystallization drop was 1:1 mixture of protein dissolved in 20 mM Tris pH 8.5, 100 mM NaCl and 24 w/v% PEG 1500, 20% glycerol. The crystallization reservoir was 1.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Crystallization drop was 1:1 mixture of protein dissolved in 20 mM Tris pH 8.5, 100 mM NaCl and 24 w/v% PEG 1500, 20% glycerol. The crystallization reservoir was 1.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97876, 0.97860, 0.97243
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978761
20.97861
30.972431
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 17147 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 15.333
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
3 wavelength110.97865.1-8.04
3 wavelength120.97873.15-9.84
3 wavelength130.97113.99-3.36
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se55.9020.030.1440.810.945
2Se16.4520.0740.4680.8720.582
3Se33.670.5020.4270.8290.829
4Se39.8550.560.5860.7340.808
5Se54.4220.9780.6910.9890.848
6Se58.0520.850.340.7070.987
7Se40.4860.2060.2050.6590.689
8Se43.850.8770.1420.9140.816
9Se54.0580.7960.5720.0390.855
10Se45.9530.9390.9610.9020.649
11Se600.3390.4890.7690.674

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 26.597 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25518 890 5.2 %RANDOM
Rwork0.16275 ---
obs0.16742 16183 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5291 0 0 221 5512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.9927352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1825656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.16922.478226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.99315972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1321544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.22665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.23681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4911.53361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.58325353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.02532325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6464.51999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.703→2.773 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 76 -
Rwork0.244 1148 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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