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- PDB-2bkv: Structure and kinetics of a monomeric glucosamine-6-phosphate dea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bkv
タイトルStructure and kinetics of a monomeric glucosamine-6-phosphate deaminase: missing link of the NagB superfamily
要素GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
キーワードHYDROLASE / SUBSTRATE INHIBITION / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosamine catabolic process / glucosamine-6-phosphate deaminase / glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucosamine-6-phosphate isomerase, conserved site / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerases signature. / Glucosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Glucosamine-6-phosphate deaminase 1
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vincent, F. / Davies, G.J. / Brannigan, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure and Kinetics of a Monomeric Glucosamine 6-Phosphate Deaminase: Missing Link of the Nagb Superfamily
著者: Vincent, F. / Davies, G.J. / Brannigan, J.A.
履歴
登録2005年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年5月1日Group: Advisory / カテゴリ: database_PDB_caveat

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
B: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3634
ポリマ－54,0512
非ポリマー3122
水6,792377
1
A: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1812
ポリマ－27,0251
非ポリマー1561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1812
ポリマ－27,0251
非ポリマー1561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.009, 48.023, 71.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE / GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE ISOMERASE 1 / GLCN6P DEAMINASE 1


分子量: 27025.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: IG20 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35000, glucosamine-6-phosphate deaminase
#2: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9168
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9168 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 67231 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB EBTRY 1DEA

1dea


解像度: 1.5→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.646 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 3401 5.11 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 67204 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.632 Å20 Å2-0.434 Å2
2---0.119 Å20 Å2
3---0.736 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3789 0 16 377 4182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.9655338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6845481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.85924.07199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66715729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1111535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.190.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.22017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0581.53097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.41823917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.19331717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4914.51421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 6.7→72.55 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 49
Rwork0.316 748
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85550.16270.15190.20050.03480.1302-0.01910.0613-0.02860.02050.01910.0222-0.03260.02880-0.0105-0.00030.01-0.0099-0.0037-0.032228.30522.169-16.101
20.3129-0.031-0.00660.2317-0.03770.19210.0062-0.03050.0058-0.00970.00350.00660.00470.0057-0.0098-0.0038-0.00090.0076-0.0052-0.0019-0.029559.813-0.841-19.622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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