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- PDB-3hwk: Crystal structure of methylcitrate synthase from Mycobacterium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hwk
タイトルCrystal structure of methylcitrate synthase from Mycobacterium tuberculosis
要素Methylcitrate synthase
キーワードTRANSFERASE / NIAID / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Tubercluosis / UW / SBRI / deCODE / Acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methylcitrate synthase / 2-methylcitrate synthase activity / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate synthase activity / citrate (Si)-synthase activity / response to host immune response / response to acidic pH / tricarboxylic acid cycle ...2-methylcitrate synthase / 2-methylcitrate synthase activity / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate synthase activity / citrate (Si)-synthase activity / response to host immune response / response to acidic pH / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase-like, small alpha subdomain ...2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Citrate synthase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / 2-methylcitrate synthase / Citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2009年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylcitrate synthase
B: Methylcitrate synthase
C: Methylcitrate synthase
D: Methylcitrate synthase
E: Methylcitrate synthase
F: Methylcitrate synthase
G: Methylcitrate synthase
H: Methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,38524
ポリマ－362,4958
非ポリマー1,88916
水17,294960
1
A: Methylcitrate synthase
B: Methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3328
ポリマ－90,6242
非ポリマー7096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10430 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
2
C: Methylcitrate synthase
D: Methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0966
ポリマ－90,6242
非ポリマー4724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9520 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
3
E: Methylcitrate synthase
F: Methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9785
ポリマ－90,6242
非ポリマー3543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area26270 Å2
手法PISA
4
G: Methylcitrate synthase
H: Methylcitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9785
ポリマ－90,6242
非ポリマー3543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.580, 179.680, 193.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 30 - 385 / Label seq-ID: 51 - 406

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH

-
要素

#1: タンパク質
Methylcitrate synthase / CITRATE SYNTHASE I GLTA1


分子量: 45311.898 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed with an N-terminal hexahis affinity tag and 3C protease cleavage site. Not cleaved prior to crystallization.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: gltA1, gltA-3, MT1163, Rv1131 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O08395, UniProt: I6Y9Q3*PLUS, citrate (Si)-synthase
#2: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium citrate or succinate, 25% glycerol as cryo-protectant, Crystal ID 202737b10, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.91 Å / Num. obs: 172140 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.18
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique all: 12650 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.63 Å19.98 Å
Translation2.63 Å19.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A59 with symmetry mate to generate a dimer

1a59


解像度: 2.3→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.202 / WRfactor Rwork: 0.165 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.851 / SU B: 5.978 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / SU Rfree: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 8613 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 172140 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.96 Å2 / Biso mean: 34.621 Å2 / Biso min: 12.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22187 0 128 960 23275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02222831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.9631005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.50452926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59122.37958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.131153597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.85615213
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.23485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5711.514562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1223287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78738269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9484.57714
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2587 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ALOOSE POSITIONAL0.345
BLOOSE POSITIONAL0.315
CLOOSE POSITIONAL0.495
DLOOSE POSITIONAL0.375
ELOOSE POSITIONAL0.295
FLOOSE POSITIONAL0.35
GLOOSE POSITIONAL0.345
HLOOSE POSITIONAL0.35
ALOOSE THERMAL6.6510
BLOOSE THERMAL2.910
CLOOSE THERMAL5.110
DLOOSE THERMAL8.3310
ELOOSE THERMAL5.5410
FLOOSE THERMAL3.0210
GLOOSE THERMAL4.3710
HLOOSE THERMAL9.3910
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 643 -
Rwork0.257 12004 -
all-12647 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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