PDB-4h67: Crystal structure of HMP synthase Thi5 from S. cerevisiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h67

タイトル

Crystal structure of HMP synthase Thi5 from S. cerevisiae

要素

Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

キーワード

TRANSFERASE / HMP-P synthase / THI5-PLP complex / PLP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine phosphate synthase activity from histidine and PLP / 転移酵素 / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Coquille, S.C. / Roux, C. / Fitzpatrick, T. / Thore, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Last Piece in the Vitamin B1 Biosynthesis Puzzle: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHT INTO YEAST 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE PHOSPHATE (HMP-P) SYNTHASE.
著者: Coquille, S. / Roux, C. / Fitzpatrick, T.B. / Thore, S.

履歴

登録	2012年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月24日	Group: Database references / Refinement description / Structure summary
改定 1.2	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h67.cif.gz	514 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h67.ent.gz	427.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h65SC 4h6dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h6d-1 4esw-d 4ubw-d 3goa-d 5lnq-1 4h6d-3 4zm4-1 4ubu-5 3s3b-d 4ubt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

B: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

C: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

D: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

E: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

F: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

G: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

H: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

ヘテロ分子

317 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

B: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

E: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.3 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

H: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

G: Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.790, 188.460, 101.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 4:187 or resseq 197:285 or resseq 289:310 or resseq 312:336 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 4:187 or resseq 197:285 or resseq 289:309 or resseq 331:336 )
3	1	1	chain 'C' and (resseq 4:128 or resseq 132:187 or resseq...
4	1	1	chain 'D' and (resseq 4:187 or resseq 197:285 or resseq 289:310 or resseq 312:336 )
5	1	1	chain 'E' and (resseq 4:187 or resseq 197:285 or resseq 289:308 or resseq 332:336 )
6	1	1	chain 'F' and (resseq 4:187 or resseq 197:285 or resseq 289:310 or resseq 312:336 )
7	1	1	chain 'G' and (resseq 4:187 or resseq 197:285 or resseq 289:310 or resseq 312:336 )
8	1	1	chain 'H' and (resseq 4:187 or resseq 197:285 or resseq 289:309 or resseq 331:336 )

#1: タンパク質	Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5 / HMP synthase Thi5 分子量: 39329.367 Da / 分子数: 8 / 変異: K240S, E241G, Q317T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: THI5, YFL058W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43534
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
放射	モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.142 Å / Num. obs: 71456 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 1.92 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.68
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 1.92 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 5348 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H65

4h65

解像度: 2.7→49.142 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	2009	2.81 %
R_work	0.2075	-	-
obs	0.2087	71456	95.27 %
all	-	75142	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.393 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.447 Å²	0 Å²	5.097 Å²
2-	-	13.3813 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.9343 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.142 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20679	0	100	149	20928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	21254
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.435	28713
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.368	7969
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	3081
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3623

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.171
1	3	C	2544	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.224
1	4	D	2568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.258
1	5	E	2392	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.162
1	6	F	2568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.238
1	7	G	2568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.261
1	8	H	2405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.177

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7675	0.3857	147	0.3278	5009	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7675-2.8424	0.3922	151	0.3112	5035	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8424-2.926	0.3203	145	0.2887	5001	X-RAY DIFFRACTION	96
2.926-3.0204	0.3687	148	0.2702	5044	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0204-3.1283	0.3257	148	0.265	4989	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1283-3.2536	0.2835	143	0.2506	5018	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2536-3.4016	0.3015	145	0.2342	5035	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4016-3.5809	0.2787	142	0.2214	4912	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5809-3.8052	0.2633	140	0.2151	4944	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8052-4.0989	0.2355	140	0.1942	4954	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0989-4.5111	0.2146	138	0.1692	4867	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5111-5.1632	0.1929	143	0.1681	4902	X-RAY DIFFRACTION	94
5.1632-6.5028	0.2195	142	0.2049	4848	X-RAY DIFFRACTION	93
6.5028-49.1503	0.1839	137	0.1704	4889	X-RAY DIFFRACTION	92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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