[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4ubu: Structure of a modified C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiola... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ubu | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of a modified C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA5 from M. tuberculosis in complex with CoA | |||||||||||||||||||||||||||
Components | Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 | |||||||||||||||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / acetylated / degradative thiolase | |||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / fatty acid beta-oxidation / cholesterol catabolic process / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | |||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Authors | Schaefer, C.M. / Kisker, C. | |||||||||||||||||||||||||||
Funding support | Germany, United States, 8items
| |||||||||||||||||||||||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2015 Title: FadA5 a Thiolase from Mycobacterium tuberculosis: A Steroid-Binding Pocket Reveals the Potential for Drug Development against Tuberculosis. Authors: Schaefer, C.M. / Lu, R. / Nesbitt, N.M. / Schiebel, J. / Sampson, N.S. / Kisker, C. | |||||||||||||||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ubu.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4ubu.ent.gz | 974.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ubu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/4ubu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/4ubu | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4ubtC 4ubvSC 4ubwC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 42372.695 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: fadA5, Rv3546, P425_03688, RVBD_3546 / Plasmid: pSD31 Production host: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (bacteria) References: UniProt: I6XHI4 #2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.62 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M Mes, 1.8 M (NH4)2SO4, 10% 1,4-dioxane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→58.75 Å / Num. obs: 70941 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 4.6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ubv Resolution: 3→58.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.802 / SU B: 44.471 / SU ML: 0.379 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.531 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Solvent model: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.948 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 3→58.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|