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- PDB-4ubt: Structure of the C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ubt | |||||||||||||||||||||||||||
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Title | Structure of the C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA5 from M. tuberculosis in complex with a steroid and CoA. | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / degradative thiolase / steroid-complex | |||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / fatty acid beta-oxidation / cholesterol catabolic process / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Schaefer, C.M. / Kisker, C. | |||||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: FadA5 a Thiolase from Mycobacterium tuberculosis: A Steroid-Binding Pocket Reveals the Potential for Drug Development against Tuberculosis. Authors: Schaefer, C.M. / Lu, R. / Nesbitt, N.M. / Schiebel, J. / Sampson, N.S. / Kisker, C. | |||||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 520.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 72.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 103 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ubuC ![]() 4ubvSC ![]() 4ubwC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 42330.656 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C93S Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C93S variant of FadA5 in complex with a steroid-CoA Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() References: UniProt: I6XHI4, acetyl-CoA C-acyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 1185 molecules ![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/3G6.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
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![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.7 / Details: 0.1 M Mes, 23% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91842 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→47.49 Å / Num. obs: 175728 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ubv Resolution: 1.7→37.684 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→37.684 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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