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Yorodumi- PDB-4ubt: Structure of the C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ubt | |||||||||||||||||||||||||||
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Title | Structure of the C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA5 from M. tuberculosis in complex with a steroid and CoA. | |||||||||||||||||||||||||||
Components | Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 | |||||||||||||||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / degradative thiolase / steroid-complex | |||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / cholesterol catabolic process / fatty acid beta-oxidation / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | |||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Authors | Schaefer, C.M. / Kisker, C. | |||||||||||||||||||||||||||
Funding support | Germany, United States, 8items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2015 Title: FadA5 a Thiolase from Mycobacterium tuberculosis: A Steroid-Binding Pocket Reveals the Potential for Drug Development against Tuberculosis. Authors: Schaefer, C.M. / Lu, R. / Nesbitt, N.M. / Schiebel, J. / Sampson, N.S. / Kisker, C. | |||||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ubt.cif.gz | 629.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ubt.ent.gz | 520.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ubt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/4ubt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/4ubt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ubuC 4ubvSC 4ubwC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 42330.656 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C93S Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C93S variant of FadA5 in complex with a steroid-CoA Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: fadA5, Rv3546, P425_03688, RVBD_3546 / Plasmid: pSD31 Production host: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (bacteria) References: UniProt: I6XHI4, acetyl-CoA C-acyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 1185 molecules
#2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.7 / Details: 0.1 M Mes, 23% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91842 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91842 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→47.49 Å / Num. obs: 175728 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ubv Resolution: 1.7→37.684 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→37.684 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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