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- PDB-2x5f: Crystal structure of the methicillin-resistant Staphylococcus aur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x5f
タイトルCrystal structure of the methicillin-resistant Staphylococcus aureus Sar2028, an aspartate_tyrosine_phenylalanine pyridoxal-5'-phosphate dependent aminotransferase
要素ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.
引用
ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Expression, Purification, Crystallization, Data Collection and Preliminary Biochemical Characterization of Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus Sar2028, an ...タイトル: Expression, Purification, Crystallization, Data Collection and Preliminary Biochemical Characterization of Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus Sar2028, an Aspartate/Tyrosine/Phenylalanine Pyridoxal-5'-Phosphate-Dependent Aminotransferase.
著者: Seetharamappa, J. / Oke, M. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Johnson, K.A. / Carter, L. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Overton, I.M. / Van Niekirk, C.A.J. / Graham, S. / Botting, C.H. / Taylor, G. ...著者: Seetharamappa, J. / Oke, M. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Johnson, K.A. / Carter, L. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Overton, I.M. / Van Niekirk, C.A.J. / Graham, S. / Botting, C.H. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Barton, G.J. / Coote, P.J. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE
B: ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8789
ポリマ－96,6932
非ポリマー1,1857
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10660 Å2
ΔGint-57.2 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.780, 89.990, 104.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 33 / Label seq-ID: 6 - 35

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE


分子量: 48346.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: 252 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GFC0, UniProt: A0A7U7EVR5*PLUS

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非ポリマー , 5種, 236分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): THERE IS AN OXYGEN ATOM MISSING FROM PLP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 28% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 16% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.24 Å / Num. obs: 69033 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→27.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.395 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21049 3667 5 %RANDOM
Rwork0.19099 ---
obs0.19198 69033 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.54 Å20 Å20 Å2
2--8.62 Å20 Å2
3---8.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6783 0 71 229 7083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.969555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.927311316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6765862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70525.479334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.225151184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0831521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4181.54285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1181.51721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74126944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52932742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.414.52607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A180tight positional0.030.05
2B180tight positional0.030.05
1A210medium positional0.080.5
2B210medium positional0.080.5
1A180tight thermal0.10.5
2B180tight thermal0.10.5
1A210medium thermal0.112
2B210medium thermal0.112
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 269 -
Rwork0.232 4873 -
obs--96.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8923-2.5723-2.21393.04972.12793.2827-0.1282-0.81810.12570.38110.3122-0.29920.22980.5588-0.1840.34760.0115-0.03730.1799-0.00740.034225.97544.29912.269
24.0778-0.5463.26350.1166-0.41862.6317-0.213-0.51290.42280.1505-0.0047-0.0958-0.1081-0.39080.21760.576-0.020.07110.2575-0.10230.358549.21552.072-4.395
31.7779-0.0969-0.52650.29670.04820.74640.0602-0.06910.28580.01160.001-0.0051-0.0949-0.0348-0.06110.3202-0.0009-0.00540.0148-0.00550.056115.56655.714-2.903
43.30760.23320.22731.1369-0.05230.83860.01470.53740.1717-0.1588-0.0316-0.0169-0.0398-0.08590.0170.36170.05240.01040.18850.08110.0454-0.89959.131-23.086
52.4026-1.5101-0.23934.68510.34532.97330.06840.0398-0.5533-0.0274-0.12220.49180.1834-0.39950.05380.322-0.0555-0.00560.0634-0.01320.133314.28626.317-13.158
68.5561.4635-0.11040.26640.04710.3868-0.07510.6144-0.3975-0.0380.0469-0.0902-0.056-0.22310.02820.4430.05350.05230.22890.05660.176514.8655.642-27.109
71.41210.0585-0.04830.7936-0.06510.79630.0040.0617-0.19190.0005-0.0034-0.07820.10770.0442-0.00060.29450.00530.00090.0059-0.00850.032635.44532.715-15.476
84.37990.82930.91722.7265-0.55812.28780.1698-0.51740.14910.3957-0.2517-0.1933-0.19990.09010.0820.3375-0.0441-0.00490.13010.00760.094558.71542.412-4.114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3A62 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4A322 - 428
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6B34 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7B75 - 331
8X-RAY DIFFRACTION8B332 - 427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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