PDB-2x5f: Crystal structure of the methicillin-resistant Staphylococcus aur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x5f

タイトル

Crystal structure of the methicillin-resistant Staphylococcus aureus Sar2028, an aspartate_tyrosine_phenylalanine pyridoxal-5'-phosphate dependent aminotransferase

要素

ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x5f.cif.gz	346.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x5f.ent.gz	286 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x5f_validation.pdf.gz	473.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x5f_full_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示
XML形式データ	2x5f_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	2x5f_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c7n-1 4f5i-d 1c7n-4 7aat-d 5wmi-1 3zzk-1 1c7n-3 6f5v-1 5ti8-d 1wst-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE

B: ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

97.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.780, 89.990, 104.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 33 / Label seq-ID: 6 - 35

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE 分子量: 48346.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: 252 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GFC0, UniProt: A0A7U7EVR5*PLUS

#1: タンパク質

ASPARTATE_TYROSINE_PHENYLALANINE PYRIDOXAL-5' PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE

分子量: 48346.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: 252 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GFC0, UniProt: A0A7U7EVR5*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 236分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): THERE IS AN OXYGEN ATOM MISSING FROM PLP

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.18 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 28% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 16% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→27.24 Å / Num. obs: 69033 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXCDE		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→27.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.395 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21049	3667	5 %	RANDOM
R_work	0.19099	-	-	-
obs	0.19198	69033	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.184 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6783	0	71	229	7083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	7027
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.196	1.96	9555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.927	3	11316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.676	5	862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.705	25.479	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.225	15	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.083	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.418	1.5	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.118	1.5	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.741	2	6944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.529	3	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.41	4.5	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	180	tight positional	0.03	0.05
2	B	180	tight positional	0.03	0.05
1	A	210	medium positional	0.08	0.5
2	B	210	medium positional	0.08	0.5
1	A	180	tight thermal	0.1	0.5
2	B	180	tight thermal	0.1	0.5
1	A	210	medium thermal	0.11	2
2	B	210	medium thermal	0.11	2

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	269	-
R_work	0.232	4873	-
obs	-	-	96.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8923	-2.5723	-2.2139	3.0497	2.1279	3.2827	-0.1282	-0.8181	0.1257	0.3811	0.3122	-0.2992	0.2298	0.5588	-0.184	0.3476	0.0115	-0.0373	0.1799	-0.0074	0.0342	25.975	44.299	12.269
2	4.0778	-0.546	3.2635	0.1166	-0.4186	2.6317	-0.213	-0.5129	0.4228	0.1505	-0.0047	-0.0958	-0.1081	-0.3908	0.2176	0.576	-0.02	0.0711	0.2575	-0.1023	0.3585	49.215	52.072	-4.395
3	1.7779	-0.0969	-0.5265	0.2967	0.0482	0.7464	0.0602	-0.0691	0.2858	0.0116	0.001	-0.0051	-0.0949	-0.0348	-0.0611	0.3202	-0.0009	-0.0054	0.0148	-0.0055	0.0561	15.566	55.714	-2.903
4	3.3076	0.2332	0.2273	1.1369	-0.0523	0.8386	0.0147	0.5374	0.1717	-0.1588	-0.0316	-0.0169	-0.0398	-0.0859	0.017	0.3617	0.0524	0.0104	0.1885	0.0811	0.0454	-0.899	59.131	-23.086
5	2.4026	-1.5101	-0.2393	4.6851	0.3453	2.9733	0.0684	0.0398	-0.5533	-0.0274	-0.1222	0.4918	0.1834	-0.3995	0.0538	0.322	-0.0555	-0.0056	0.0634	-0.0132	0.1333	14.286	26.317	-13.158
6	8.556	1.4635	-0.1104	0.2664	0.0471	0.3868	-0.0751	0.6144	-0.3975	-0.038	0.0469	-0.0902	-0.056	-0.2231	0.0282	0.443	0.0535	0.0523	0.2289	0.0566	0.1765	14.86	55.642	-27.109
7	1.4121	0.0585	-0.0483	0.7936	-0.0651	0.7963	0.004	0.0617	-0.1919	0.0005	-0.0034	-0.0782	0.1077	0.0442	-0.0006	0.2945	0.0053	0.0009	0.0059	-0.0085	0.0326	35.445	32.715	-15.476
8	4.3799	0.8293	0.9172	2.7265	-0.5581	2.2878	0.1698	-0.5174	0.1491	0.3957	-0.2517	-0.1933	-0.1999	0.0901	0.082	0.3375	-0.0441	-0.0049	0.1301	0.0076	0.0945	58.715	42.412	-4.114

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	62 - 321
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	322 - 428
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 33
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	34 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	75 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	332 - 427

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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