PDB-2x5c: Crystal structure of hypothetical protein ORF131 from Pyrobaculum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x5c

タイトル

Crystal structure of hypothetical protein ORF131 from Pyrobaculum Spherical Virus

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Alpha-Beta Plaits - #3590 / : / PSV_Hypothetical protein ORF131-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / PSV hypothetical protein ORF131-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

PYROBACULUM SPHERICAL VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月28日	Group: Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x5c.cif.gz	133.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x5c.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pqz-2 1f3z-1 3oa9-d 6a8r-d 6a6j-d 2ybo-d 3cxk-d 2ybq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131

B: HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131

ヘテロ分子

29.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131

ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131

ヘテロ分子

B: HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.880, 53.880, 127.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2009- HOH
2	1	B-2043- HOH

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131 分子量: 14699.056 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PYROBACULUM SPHERICAL VIRUS (ウイルス) プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q6ZYH1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 6.545% ISOPROPANOL, 0.1M TRIS-HCL, PH8.5. THE CRYOPROTECTANT USED WAS 30% GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.6
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月11日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19 Å / Num. obs: 19587 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXCDE	SOLVE RESOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→18.824 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.78 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE STRUCTURE IS ORDERED FROM RESIDUE 29 TO 127

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	1001	5.1 %
R_work	0.1917	-	-
obs	0.1935	19587	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.254 Å² / k_sol: 0.433 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0158 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0158 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.0316 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.824 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1587	0	8	115	1710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	1628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.543	2178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.899	615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	276

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8003-1.8951	0.2906	121	0.2729	2380	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8951-2.0137	0.3148	148	0.243	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0137-2.169	0.2299	153	0.1994	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.3869	0.258	145	0.1822	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3869-2.7314	0.2239	144	0.1811	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7314-3.4378	0.2289	135	0.1722	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4378-18.8254	0.2021	155	0.1902	2758	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2031	0.1559	0.1143	3.0161	2.1073	1.5362	0.1666	0.0385	-0.7157	-0.0655	0.0449	-0.2715	0.021	-0.0897	-0.0766	0.1746	-0.05	-0.0422	0.1327	-0.056	0.1557	19.3636	8.3802	13.1418
2	4.6593	0.7574	-1.905	2.5217	1.6014	2.2877	-0.1497	0.1937	-1.3971	-0.3508	0.2199	-0.7975	-0.2389	0.453	0.0694	0.3	-0.0701	0.0292	0.3583	0.0219	0.4925	23.4451	-0.2007	11.7564
3	1.2594	-1.1384	-1.2927	1.5991	0.1434	3.0854	-0.7457	-0.8954	0.2853	-0.4232	-0.5024	-0.4549	0.3812	0.6677	0.9499	0.1774	0.029	0.105	0.4433	0.1582	0.7482	24.0452	-3.8953	15.1124
4	0.5757	1.0952	0.336	4.2149	1.2405	0.2478	0.3448	-0.3941	0.0372	1.0931	-0.4508	0.2597	0.4095	-0.2241	0.063	0.2773	-0.0514	0.0017	0.2917	-0.0412	0.1377	16.4858	14.8804	24.6481
5	1.298	0.7301	0.3611	0.9352	0.339	2.2346	-0.4605	0.1941	0.5046	-0.1964	-0.1133	0.6464	-0.3938	-0.8198	0.5524	0.3173	-0.0114	-0.0597	0.3023	-0.1562	0.3184	21.0933	35.0941	26.1772
6	1.283	0.059	0.1679	4.5557	0.2171	1.7035	-0.0154	-0.3046	0.1987	0.5001	0.1106	-0.091	-0.1869	-0.2589	-0.0064	0.2745	0.0791	-0.0239	0.2888	-0.0726	0.2395	-8.1076	9.1678	7.1665
7	3.7412	-0.5915	1.2035	4.058	-0.4211	0.5001	-0.191	-0.5742	0.3897	0.1193	0.1512	-0.9596	-0.2234	-0.1838	0.0044	0.2807	0.1009	0.008	0.3286	-0.0881	0.4189	-2.5694	16.9389	4.3239
8	5.2195	-2.4412	-0.4127	2.2069	0.3878	2.0087	-0.2839	0.0976	1.5072	-0.3651	0.5057	-1.2355	0.2167	0.6605	-0.1205	0.1554	0.0374	0.0153	0.3084	-0.1753	0.4782	-0.4001	19.4655	3.4478
9	1.8939	-1.6029	-0.6574	3.8523	0.4621	0.4817	0.2563	0.4249	-0.3447	-0.7783	-0.4794	0.7051	-0.0816	-0.2567	0.165	0.2077	0.0346	-0.0527	0.2236	-0.1152	0.2136	-9.0453	-1.8245	-4.3366
10	1.7567	1.1615	-0.0279	2.4739	-2.0196	2.7936	0.3836	-0.5272	-0.4413	0.5978	-0.2632	-0.3176	0.4239	-0.1223	-0.0503	0.5882	-0.076	0.1193	0.2763	0.0658	0.2946	-3.1159	-20.8613	4.9096
11	0.0056	0.0001	-0.0028	0.0001	0.0002	0.0014	-0.0856	-2.8558	1.3393	0.0834	-0.015	-1.7311	-0.7176	1.3143	-0.3012	0.9548	0.0931	0.086	0.5654	-0.0276	0.6649	1.9055	4.6013	-4.1286
12	0	0	0	0	0	0	-0	27033.16	49152.32	-27033.15	0	0	-49152.32	0	0	0.4444	0.058	0.0705	0.5856	0.3542	1.5684	24.4428	-7.4584	17.925
13	0	0	0	0	0	0	0	-1077.897	0	1077.8975	0	1550.9374	0	-1550.937	0	0.3654	0.0623	0.1727	0.3649	0.0032	1.087	-0.9148	23.379	-1.8045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 29:51)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 52:76)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 77:91)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 92:115)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 116:127)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 29:49)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 50:72)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 73:88)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 89:122)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 123:129)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN E AND RESID 1:1)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 1128:1128)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 1131:1131)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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