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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x5c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hypothetical protein ORF131 from Pyrobaculum Spherical Virus | ||||||
![]() | HYPOTHETICAL PROTEIN ORF131 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Alpha-Beta Plaits - #3590 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs. 著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ivyC ![]() 2jg5C ![]() 2jg6C ![]() 2vw8C ![]() 2vxzC ![]() 2wj9C ![]() 2x0oC ![]() 2x3dC ![]() 2x3eC ![]() 2x3fC ![]() 2x3gC ![]() 2x3lC ![]() 2x3mC ![]() 2x3nC ![]() 2x3oC ![]() 2x48C ![]() 2x4gC ![]() 2x4hC ![]() 2x4iC ![]() 2x4jC ![]() 2x4kC ![]() 2x4lC ![]() 2x5dC ![]() 2x5fC ![]() 2x5gC ![]() 2x5hC ![]() 2x5pC ![]() 2x5qC ![]() 2x5rC ![]() 2x5tC ![]() 2x7bC ![]() 2x7iC ![]() 2xu2C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14699.056 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.3 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 6.545% ISOPROPANOL, 0.1M TRIS-HCL, PH8.5. THE CRYOPROTECTANT USED WAS 30% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→19 Å / Num. obs: 19587 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.8→18.824 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.78 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE STRUCTURE IS ORDERED FROM RESIDUE 29 TO 127
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.254 Å2 / ksol: 0.433 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.824 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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