PDB-2x4l: Crystal structure of DesE, a ferric-siderophore receptor protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x4l

タイトル

Crystal structure of DesE, a ferric-siderophore receptor protein from Streptomyces coelicolor

要素

FERRIC-SIDEROPHORE RECEPTOR PROTEIN

キーワード

TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x4l.cif.gz	128.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x4l.ent.gz	100.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x4l_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x4l_full_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示
XML形式データ	2x4l_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	2x4l_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/2x4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/2x4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jkk-d 6qn4-d 3dfc-d 1jkt-2 1wvx-d 6enk-d 5d15-d 1jkt-1 5a4d-8 4zji-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FERRIC-SIDEROPHORE RECEPTOR PROTEIN

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.840, 57.540, 102.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FERRIC-SIDEROPHORE RECEPTOR PROTEIN 分子量: 34575.973 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 33-349 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア) 株: A3(2) / プラスミド: PET151 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9L074
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.77 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: FROM 2.63M SODIUM MALONATE, 0.1M BISTRIS PH 6.0, 0.24M NACL. CRYSTAL WAS CRYOPROTECTED BY 3.4M SODIUM MALONATE, 0.1M BISTRIS PH 6.0, 0.25M NACL. PHASES WERE DETERMINED BY SOAKING CRYSTAL IN 2. ...詳細: FROM 2.63M SODIUM MALONATE, 0.1M BISTRIS PH 6.0, 0.24M NACL. CRYSTAL WAS CRYOPROTECTED BY 3.4M SODIUM MALONATE, 0.1M BISTRIS PH 6.0, 0.25M NACL. PHASES WERE DETERMINED BY SOAKING CRYSTAL IN 2.8M SODIUM MALONATE, 0.1M BISTRIS PH 6.0, 0.5M NABR FOR 1 MINUTE PRIOR TO CRYOPROTECTION.

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.77 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 6
詳細: FROM 2.63M SODIUM MALONATE, 0.1M BISTRIS PH 6.0, 0.24M NACL. CRYSTAL WAS CRYOPROTECTED BY 3.4M SODIUM MALONATE, 0.1M BISTRIS PH 6.0, 0.25M NACL. PHASES WERE DETERMINED BY SOAKING CRYSTAL IN 2. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月29日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 50077 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 29.17
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXCDE	SOLVE RESOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→29.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.602 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20941	2544	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17909	-	-	-
obs	0.18061	47533	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.161 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2267	0	0	212	2479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.124	1.97	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.952	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.695	25.556	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.512	15	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.954	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.281	1.5	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.986	2	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.455	3	826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.568	4.5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	196	-
R_work	0.22	3467	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5121	-0.905	-0.8008	2.9142	0.3613	-0.0752	-0.213	0.0223	-0.2912	0.1616	0.0212	0.1829	0.1809	-0.0791	0.1918	0.1277	-0.092	0.0831	0.1264	-0.0496	0.0959	2.797	19.326	32.24
2	0.872	-0.0712	-0.6994	0.1737	0.2409	1.4245	-0.0721	-0.0069	-0.0071	0.0473	0.0139	0.0427	0.009	-0.0524	0.0582	0.059	-0.0023	-0.0001	0.0368	0.0052	0.0515	12.442	32.778	29.301
3	2.5444	-1.172	-3.4907	1.8776	0.1261	3.793	-0.3526	0.7637	-0.2382	-0.1123	0.0727	0.0542	0.652	-0.8716	0.2799	0.1396	-0.1716	0.0504	0.2261	-0.0777	0.071	3.718	22.454	20.032
4	4.4887	-0.7047	-2.2422	0.4896	1.1149	4.051	-0.069	0.0845	-0.1281	-0.1149	-0.1387	0.1381	0.0162	-0.4252	0.2077	0.0456	0.0061	-0.0334	0.1232	-0.0439	0.0637	8.116	25.167	4.357
5	0.6982	-0.5315	0.3946	0.9602	-0.2584	1.2483	-0.0224	0.0882	0.0741	0.0812	-0.0998	-0.1448	0.0132	0.1299	0.1222	0.0252	-0.0239	-0.008	0.0448	0.0145	0.0723	31.659	26.948	12.349
6	1.381	-0.0746	0.0085	0.6022	0.2443	1.5006	0.029	0.1443	0.1171	-0.0527	-0.0557	-0.0626	-0.1827	0.0151	0.0267	0.061	-0.0172	-0.0024	0.025	0.0151	0.0514	25.804	34.811	7.262

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	52 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 177
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	178 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	220 - 294
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	295 - 349

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