PDB-2x3l: Crystal Structure of the Orn_Lys_Arg decarboxylase family protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x3l

タイトル

Crystal Structure of the Orn_Lys_Arg decarboxylase family protein SAR0482 from Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

要素

ORN/LYS/ARG DECARBOXYLASE FAMILY PROTEIN

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #150 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2x3l.ent.gz	290.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2x3l_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x3l_full_validation.pdf.gz	474.7 KB	表示
XML形式データ	2x3l_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	2x3l_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kx7-d 4rit-d 4e6y-2 5lg6-2 4xmt-d 2yd0-d 4fys-d 6m8p-18 6m8p-8 6eed-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ORN/LYS/ARG DECARBOXYLASE FAMILY PROTEIN

B: ORN/LYS/ARG DECARBOXYLASE FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.677, 137.283, 62.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	5 - 139
2	1	1	4	B	5 - 139
1	1	2	4	A	147 - 358
2	1	2	4	B	147 - 358
1	1	3	4	A	384 - 443
2	1	3	4	B	384 - 443
1	1	4	4	A	366 - 377
2	1	4	4	B	366 - 377

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	ORN/LYS/ARG DECARBOXYLASE FAMILY PROTEIN 分子量: 51122.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: 252 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q6GJJ0, UniProt: A0A7U7ETV2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION 分子量: 150.360 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 20% PEG4000, 0.1 M TRIS-CL, PH8.0, 0.32 M MGCL2, 0.8% ETHYLENE GLYCOL. THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 20 MM SAMARIUM ACETATE AND 5MM PLP. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 22% PEG4000, 0.1M ...詳細: 20% PEG4000, 0.1 M TRIS-CL, PH8.0, 0.32 M MGCL2, 0.8% ETHYLENE GLYCOL. THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 20 MM SAMARIUM ACETATE AND 5MM PLP. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 22% PEG4000, 0.1M TRIS-CL, PH8.0, 0.3 M MGCL2, 2.0% ETHYLENE GLYCOL, 19% PEG400 DILUTED WITH A 50MM PLP SOLUTION 1:10 (FINAL CONCENTRATIONS ABOUT 17% PEG400 AND 5MM PLP)

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 8
詳細: 20% PEG4000, 0.1 M TRIS-CL, PH8.0, 0.32 M MGCL2, 0.8% ETHYLENE GLYCOL. THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 20 MM SAMARIUM ACETATE AND 5MM PLP. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 22% PEG4000, 0.1M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月25日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→29.17 Å / Num. obs: 50798 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0090	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→29.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 14.06 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE IS ONLY ORDERED FROM RESIDUE 5 TO 443. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27684	2713	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22886	-	-	-
obs	0.23132	50798	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6800	0	41	127	6968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	7023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.125	1.966	9509
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.82	3	11430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.65	5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.348	25.392	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.938	15	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.475	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.349	1.5	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.089	1.5	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.626	2	6841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.164	3	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.609	4.5	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1758	medium positional	0.34	0.5
1	2	B	1758	medium positional	0.34	0.5
2	1	A	2923	medium positional	0.39	0.5
2	2	B	2923	medium positional	0.39	0.5
3	1	A	812	medium positional	0.45	0.5
3	2	B	812	medium positional	0.45	0.5
4	1	A	167	medium positional	0.44	0.5
4	2	B	167	medium positional	0.44	0.5
1	1	A	1758	medium thermal	0.4	2
1	2	B	1758	medium thermal	0.4	2
2	1	A	2923	medium thermal	0.35	2
2	2	B	2923	medium thermal	0.35	2
3	1	A	812	medium thermal	0.32	2
3	2	B	812	medium thermal	0.32	2
4	1	A	167	medium thermal	0.27	2
4	2	B	167	medium thermal	0.27	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	185	-
R_work	0.314	3740	-
obs	-	-	98.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9701	0.8439	0.5519	1.6199	0.1839	1.2452	0.1171	-0.1647	0.0882	0.2756	-0.0805	-0.0271	-0.1514	0.2085	-0.0366	0.1407	-0.0338	0.0138	0.1896	-0.0469	0.0852	9.177	-4.398	12.947
2	2.0258	1.5376	-0.5357	2.3312	-1.361	2.76	-0.0501	0.0879	-0.0341	-0.2755	0.0511	0.0808	0.2586	0.0988	-0.0009	0.0557	0.0138	-0.0175	0.056	-0.0274	0.0544	0.58	-18.469	-6.575
3	0.8779	0.264	-0.2251	1.2565	-0.3442	1.7831	0.0011	0.0651	-0.2292	-0.0421	-0.0621	-0.0018	0.1798	-0.0476	0.0609	0.0425	0.0036	-0.0165	0.0614	-0.017	0.0773	10.303	-18.804	3.498
4	0.1803	0.0078	0.2198	0.9259	-0.2689	1.3983	0.0376	-0.0647	-0.086	0.1168	-0.0489	-0.0329	0.1542	0.0702	0.0112	0.0933	0.0171	-0.0122	0.0958	0.0003	0.0952	6.328	-14.927	14.896
5	0.8464	0.0281	0.7796	0.5525	-0.0768	2.6369	0.0354	-0.0689	-0.0328	0.0967	0.0005	0.1015	0.0314	-0.2925	-0.0359	0.0824	-0.0065	0.0144	0.0841	-0.0061	0.1018	-12.96	-19.186	4.579
6	0.132	-0.0869	-0.3029	2.4145	-0.191	0.7753	0.0084	0.0479	-0.0137	0.2494	-0.0067	0.2731	-0.0187	-0.1531	-0.0017	0.1879	-0.0393	0.0503	0.2091	-0.0151	0.1514	0.843	6.018	18.04
7	1.4482	0.3978	-0.0403	2.0587	0.4899	1.0614	-0.051	0.2385	0.1044	-0.2482	0.0612	-0.0027	-0.0886	-0.042	-0.0101	0.0371	0.0054	-0.0075	0.0669	0.0157	0.091	4.658	15.489	-6.751
8	0.8769	0.4956	0.3841	1.2445	0.0943	1.2398	-0.0555	-0.0001	0.2859	-0.0603	-0.0246	0.0413	-0.1523	-0.0709	0.0801	0.0781	0.016	0.0262	0.0542	-0.0182	0.1483	-0.594	20.898	2.205
9	0.5598	0.3475	-0.1459	0.8369	0.0054	0.1689	0.0688	-0.0893	0.2359	0.1049	-0.0795	0.2077	-0.0984	-0.0257	0.0106	0.127	0.0159	-0.0048	0.093	-0.028	0.1647	4.628	19.274	12.179
10	0.8822	0.0981	-0.3559	0.9318	0.4255	2.5481	0.0537	0.1015	0.045	0.0112	0.0258	-0.1099	-0.0965	0.2782	-0.0796	0.0939	-0.0034	-0.0041	0.0997	0.0091	0.162	22.303	19.593	1.407
11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.6334	0.0858	-0.1576	0.4925	-0.1953	0.4818	-16.82	-27.882	-24.371
12	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.5234	-0.0062	0.0076	0.3074	-0.1876	0.7369	-15.493	-29.103	-19.89
13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.2184	-0.012	-0.0251	0.1708	-0.0494	0.3693	-25.089	-30.058	-11.698
14	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	1.3275	-0.071	0.1423	0.5842	0.0762	0.7452	6.576	15.439	-22.563
15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	1.1317	-0.0677	-0.2095	0.5518	0.1925	1.0867	11.102	31.698	-16.716
16	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.5946	-0.0656	0.0207	0.5228	-0.0224	0.8485	28.306	40.116	13.595

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	157 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	231 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	291 - 443
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	5 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	70 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	154 - 226
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	227 - 303
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	304 - 443
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	1445
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	1446
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	1447
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	1445
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	1446
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	1447

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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