PDB-2x3e: Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x3e

タイトル

Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III, FabH from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 3

キーワード

TRANSFERASE / HED / ACYLTRANSFERASE / LIPID SYNTHESIS / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / FATTY ACID BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x3e.cif.gz	248.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x3e.ent.gz	201.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x3e_validation.pdf.gz	434 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x3e_full_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示
XML形式データ	2x3e_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	2x3e_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C 1ub7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bnm-d 1mzj-d 5ily-d 4nhd-1 5ik0-d 2qx1-d 3lz9-d 5dhk-d 2ahb-d 5eas-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 3

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 3

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.240, 69.240, 212.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 3 / 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III / BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III / KAS III / 3- ...3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III / BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III / KAS III / 3-OXOACYL-ACP SYNTHASE III 分子量: 34059.453 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA01 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 参照: UniProt: Q9HYR2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 111 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 111 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.5 詳細: 2.8M DI-AMMONIUM-PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH4.5, 120MM AMMONIUM ACETATE.CRYOPROTECTED WITH 3.6M DI-AMMONIUM-PHOSPHATE, 50MM NACITRATE, PH4.5, 100MM AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月4日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→100 Å / Num. obs: 49430 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.81→1.85 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0090	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UB7

1ub7

解像度: 1.81→213.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 5.898 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE IS ONLY ORDERED FROM RESIDUES 3 TO 327 ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20377	2655	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16915	-	-	-
obs	0.1709	49430	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0.06 Å²	-0 Å²
2-	-	0.11 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→213.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4640	0	0	464	5104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	4822
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.078	1.96	6590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	3	7624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.882	5	674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.338	22.887	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.646	15	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.757	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.342	1.5	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.073	1.5	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.648	2	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.121	3	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.849	4.5	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.807→1.854 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	194	-
R_work	0.241	3318	-
obs	-	-	90.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9337	1.2033	-0.3793	2.9295	-0.1771	0.9827	-0.0572	0.1303	-0.2728	-0.2715	-0.0062	-0.1013	0.166	-0.1988	0.0634	0.0809	-0.0253	-0.0302	0.1012	-0.0057	0.087	-15.576	-25.473	-12.958
2	1.5928	-0.1811	0.3989	1.1349	-0.1291	1.2754	0.0059	-0.0422	-0.1786	-0.1096	-0.0006	0.1468	0.162	-0.2543	-0.0054	0.0653	-0.0338	-0.0016	0.0861	-0.014	0.0679	-9.635	-26.273	-11.724
3	0.7236	0.0128	-0.101	0.7709	0.0065	1.1252	-0.0263	0.0081	-0.037	0.024	0.0186	0.0639	0.0942	-0.065	0.0077	0.0139	-0.0091	-0.0107	0.0287	-0.0002	0.0577	-7.855	-21.147	-2.807
4	1.4885	0.1913	-0.051	3.1821	0.2373	2.5507	0.0008	-0.0833	-0.0761	0.216	-0.0816	0.2325	0.0298	-0.1227	0.0808	0.0376	-0.0174	0.0062	0.1142	0.0032	0.1258	-20.9	-12.712	3.981
5	1.3659	-0.3598	-0.1877	0.9051	0.0595	1.2536	-0.0084	0.1135	0.0604	-0.093	-0.0434	0.0766	-0.0158	-0.2252	0.0519	0.0475	-0.0237	-0.0288	0.0975	-0.0027	0.1084	-22.741	-14.912	-7.155
6	1.2337	-0.7377	0.4957	2.6865	-1.9057	2.3737	0.0262	0.1358	0.0653	-0.182	-0.0561	0.0231	0.0324	-0.0328	0.0299	0.033	-0.0122	-0.0043	0.0564	-0.0017	0.0587	-14.47	-10.633	-5.068
7	1.1084	-0.9628	-0.4299	4.2075	0.5585	1.5441	-0.084	-0.0955	-0.1921	0.1616	0.0144	0.2042	0.36	0.2125	0.0696	0.0917	0.0403	-0.0044	0.1099	0.0245	0.0835	16.632	-30.531	11.991
8	1.3015	-0.0989	-0.161	0.6452	-0.0691	1.2202	0.0012	-0.059	-0.1685	0.016	-0.0562	-0.0574	0.247	0.1941	0.055	0.0847	0.035	0.0134	0.0459	0.0334	0.0776	10.58	-29.852	10.678
9	0.8699	-0.0035	-0.0769	0.5988	-0.0426	1.2483	-0.0233	0.0159	-0.0472	-0.0448	0.0225	-0.0241	0.1422	0.0516	0.0008	0.0202	0.004	-0.0039	0.027	0.0141	0.0535	9.929	-23.517	2.528
10	1.3777	0.3967	-0.3624	1.6773	0.274	1.0201	-0.0225	0.0394	-0.0722	-0.105	-0.0185	-0.1054	0.0603	0.1983	0.041	0.0297	0.012	-0.0115	0.1098	0.0052	0.0922	24.332	-17.295	-3.599
11	1.0416	0.6756	-0.3815	1.6717	0.1177	0.9816	-0.0278	-0.1256	-0.0082	0.1309	-0.0039	-0.1644	0.0489	0.307	0.0316	0.046	0.0275	-0.0261	0.1265	0.0291	0.1202	25.729	-21.313	7.212
12	1.989	1.4316	1.6488	3.2578	3.2485	4.4597	0.1098	-0.2493	0.0434	0.384	-0.0717	-0.0393	0.3794	0.0147	-0.0382	0.0479	0.0023	-0.0052	0.0595	0.0168	0.0722	18.837	-15.009	6.084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	29 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	217 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	257 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	301 - 327
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	3 - 28
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	29 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	95 - 216
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	217 - 256
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	257 - 300
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	301 - 322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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