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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wfj | ||||||
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タイトル | Atomic resolution crystal structure of the PPIase domain of human cyclophilin G in complex with cyclosporin A. | ||||||
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![]() | ISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN A / IMMUNOSUPPRESSANT / CYCLOPHILIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / nuclear matrix / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / nuclear speck ...cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / nuclear matrix / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / nuclear speck / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stegmann, C.M. / Sheldrick, G.M. / Wahl, M.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Thermodynamic Influence of Trapped Water Molecules on a Protein-Ligand Interaction. 著者: Stegmann, C.M. / Seeliger, D. / Sheldrick, G.M. / De Groot, B.L. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 19843.518 Da / 分子数: 1 / 断片: PPIASE DOMAIN, RESIDUES 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
-非ポリマー , 4種, 302分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) ...CYCLOSPORI |
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配列の詳細 | INITIAL GA RESIDUES ARE CLONING ARTEFACTS. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.4 % 解説: STRUCTURE WAS SOLVED BY APPLYING DIRECT METHODS IN SHELXD IN TWO STAGES FIRST SEARCHING FOR 9 SULFUR ATOMS WITH THE HELP OF PATTERSON SEEDING AND DUAL-SPACE DIRECT METHODS AND THEN EXPANDING ...解説: STRUCTURE WAS SOLVED BY APPLYING DIRECT METHODS IN SHELXD IN TWO STAGES FIRST SEARCHING FOR 9 SULFUR ATOMS WITH THE HELP OF PATTERSON SEEDING AND DUAL-SPACE DIRECT METHODS AND THEN EXPANDING THE MOST PROMISING SOLUTIONS TO THE FULL STRUCTURE. DATA WERE COLLECTED FROM A SINGLE CRYSTAL FIRST ON A BRUKER ROTATING-ANODE GENERATOR, PRODUCING CUKALPHA RADIATION, AND A SMART6000 16-MEGAPIXEL CCD TO A RESOLUTION OF 1.12A. DATA FROM THE SAME CRYSTAL WERE THEN COLLECTED ON BEAMLINE PXII OF THE SWISS LIGHT SOURCE (SLS, VILLIGEN, SWITZERLAND) USING A MAR CCD 225 DETECTOR AND MERGED WITH THE IN-HOUSE DATA. |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 28-32% (W/V) PEG 4000, 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6888 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.75→40 Å / Num. obs: 212972 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.25 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 0.75→0.78 Å / 冗長度: 3.43 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / % possible all: 90.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS 開始モデル: NONE 解像度: 0.75→10 Å / Num. parameters: 16518 / Num. restraintsaints: 21007 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 20 / Occupancy sum hydrogen: 1253.37 / Occupancy sum non hydrogen: 1660.65 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.75→10 Å
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拘束条件 |
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