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- PDB-4kii: Beta-lactoglobulin in complex with Cp*Rh(III)Cl N,N-di(pyridin-2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kii
タイトルBeta-lactoglobulin in complex with Cp*Rh(III)Cl N,N-di(pyridin-2-yl)dodecanamide
要素Beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / fatty acid binding / milk / artificial metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[N,N-di(pyridin-2-yl-kappaN)dodecanamide]rhodium / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Cherrier, M.V. / Amara, P. / Engilberge, S. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Eur.J.Inorg.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Enantioselectivity in the Transfer Hydrogenation of a Ketone Catalyzed by an Artificial Metalloenzyme
著者: Cherrier, M.V. / Amara, P. / Engilberge, S. / Chevalley, A. / Salmain, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8442
ポリマ－18,3871
非ポリマー4561
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.950, 52.950, 110.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Beta-LG


分子量: 18387.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-RHL / [N,N-di(pyridin-2-yl-kappaN)dodecanamide]rhodium


分子量: 456.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H31N3ORh
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE HAS NATURAL VARIANTS(80, 134).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.44 M trisodium citrate 100 mM Tris HCl pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→45.856 Å / Num. obs: 15842 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 46.049 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 30.69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.85-1.950.9620.4386.1323081229422630.46198.6
1.95-2.050.990.21511.1318098185518310.22798.7
2.05-2.150.9930.1415.1814130153415230.14899.3
2.15-2.250.9970.10221.1112910127512610.10798.9
2.25-2.50.9980.07227.1723765237823600.07699.2
2.5-30.9990.04439.0625800272427110.04699.5
3-40.9990.03154.0219878220822030.03399.8
4-60.9990.02866.3210526116311560.02999.4
6-100.9990.02768.432414104040.02998.5
1010.02967.7510191301300.031100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.65 Å45.86 Å
Translation5.65 Å45.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.8.2_1309精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NPO

3npo


解像度: 1.85→45.856 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.22 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1579 9.97 %Random
Rwork0.1874 ---
obs0.1907 15841 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.8 Å2 / Biso mean: 49.7151 Å2 / Biso min: 23.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1242 0 27 92 1361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.806
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60470.39690.22112.6358-2.41792.291-0.25970.37870.3185-0.31380.05830.00720.08860.12820.1980.518-0.08630.11710.3346-0.02960.487549.502640.2816107.5992
21.7609-0.18320.73154.3533-0.4874.1804-0.1532-0.11490.1298-0.2130.23760.2735-0.3971-0.7232-0.04230.37210.04530.01340.30490.05080.348735.435744.728121.9642
33.21730.3584-0.37113.2744-1.63555.8792-0.59410.9381-0.0572-0.92850.35790.24050.8339-0.49820.15140.5615-0.1528-0.0590.4599-0.05720.378938.783635.5757105.0091
43.6881-0.7534-4.89816.132-0.78588.1303-0.30091.8185-1.0945-0.20160.11.1567-0.4308-2.7168-0.09180.4113-0.0544-0.05150.70020.02860.550628.892238.1143114.0269
59.70046.2142-6.81687.1789-4.83925.0243-0.08740.2210.3714-0.90680.62280.81230.8915-0.4813-0.52420.4336-0.1282-0.14620.56960.1290.502132.793239.8153106.2625
66.69891.7909-2.05454.61280.26524.57910.01830.93081.3358-0.21920.24180.9329-0.652-1.7349-0.42280.5218-0.0175-0.03490.65910.1480.466340.396750.163102.8091
75.42230.2258-2.62455.8883-0.22657.0257-0.1620.0807-0.10250.1938-0.1064-0.2818-0.0166-0.14910.22260.2914-0.07860.01550.2209-0.00890.27547.577941.9481111.526
86.11465.10490.1425.9487-1.10831.5308-0.2750.27060.823-0.173-0.7848-1.1626-1.17550.6597-0.87940.94570.1822-0.07010.79730.18660.687939.642157.3111114.1945
91.65660.0196-1.17752.30140.53854.611-0.0788-0.0725-0.0999-0.48310.0481-1.06680.3430.2540.07640.3523-0.01580.00530.2182-0.01940.338944.913936.5835118.5492
103.2717-0.64480.34494.34720.08384.31780.3079-0.58060.17430.3231-0.3757-1.9561-0.11860.7424-0.08870.4268-0.1256-0.09910.46060.03140.635552.652642.0183122.5019
111.6685-1.2611.05573.42260.79331.6134-0.2377-0.33790.371.34040.0606-1.2446-0.45150.33930.2110.5398-0.0731-0.02560.2688-0.03590.400742.862245.7721125.1546
126.832-3.28161.76597.971-0.57646.5596-0.0311-0.1117-0.59110.40960.13711.33990.9883-1.2811-0.18580.4027-0.14950.10060.3562-0.020.424234.834430.4582123.5946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 2 through 19 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 20 through 41 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 42 through 53 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 54 through 65 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resid 66 through 75 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and (resid 76 through 89 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resid 90 through 108 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and (resid 109 through 116 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and (resid 117 through 129 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain A and (resid 130 through 141 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain A and (resid 142 through 152 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain A and (resid 153 through 162 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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