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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oss | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Bromo domain 1 in human Bromodomain Containing Protein 4 (BRD4) | ||||||
![]() | Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / BRD4 / bromodomain containing protein 4 / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Savitsky, P. / Burgess, N. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. ...Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Savitsky, P. / Burgess, N. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. 著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2nxbC ![]() 2oo1C ![]() 2ouoC ![]() 2rfjC ![]() 3d7cC ![]() 3daiC ![]() 3dwyC ![]() 3gg3C ![]() 3hmeC ![]() 3hmfC ![]() 3hmhC ![]() 3i3jC ![]() 3iu5C ![]() 3iu6C ![]() 3lxjC ![]() 3mb3C ![]() 3mb4C ![]() 3mqmC ![]() 3nxbC ![]() 3p1cC ![]() 3p1dC ![]() 3q2eC ![]() 3rcwC ![]() 3tlpC ![]() 3uv2C ![]() 3uv4C ![]() 3uv5C ![]() 3uvdC ![]() 3uvwC ![]() 3uvxC ![]() 3uvyC ![]() 3uw9C ![]() 1x0jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromo domain 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M NaNO3, 20% PEG3350, 10% Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 8.1 % / Av σ(I) over netI: 14.1 / 数: 237706 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.01 / D res high: 1.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29320 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 29349 / Num. obs: 29320 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 14.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Num. unique all: 2874 / Χ2: 1.038 / % possible all: 100 |
-位相決定
Phasing MR |
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-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1X0J 解像度: 1.35→39.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.361 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.628 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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