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万見
- PDB-2esl: Human Cyclophilin C in Complex with Cyclosporin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2esl
タイトルHuman Cyclophilin C in Complex with Cyclosporin A
要素
  • CYCLOSPORIN A
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN A / IMMUNOSUPRESSANT / CYCLOPHILIN / SGC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin A / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Walker, J.R. / Davis, T. / Newman, E.M. / Finerty Jr., P.J. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bochkarev, A. ...Walker, J.R. / Davis, T. / Newman, E.M. / Finerty Jr., P.J. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characterization of the human cyclophilin family of peptidyl-prolyl isomerases.
著者: Davis, T.L. / Walker, J.R. / Campagna-Slater, V. / Finerty, P.J. / Paramanathan, R. / Bernstein, G. / MacKenzie, F. / Tempel, W. / Ouyang, H. / Lee, W.H. / Eisenmesser, E.Z. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2005年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52017年6月21日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entry_details.sequence_details
改定 1.62018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
I: CYCLOSPORIN A
J: CYCLOSPORIN A
K: CYCLOSPORIN A
L: CYCLOSPORIN A
M: CYCLOSPORIN A
N: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,40523
ポリマ－130,57812
非ポリマー82711
水14,376798
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
I: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9655
ポリマ－21,7632
非ポリマー2023
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
J: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8593
ポリマ－21,7632
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8680 Å2
手法PISA
3
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
K: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8593
ポリマ－21,7632
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8590 Å2
手法PISA
4
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
L: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9655
ポリマ－21,7632
非ポリマー2023
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8820 Å2
手法PISA
5
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
M: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8593
ポリマ－21,7632
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8620 Å2
手法PISA
6
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
N: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8994
ポリマ－21,7632
非ポリマー1362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17950 Å2
ΔGint-320 kcal/mol
Surface area41220 Å2
手法PISA
8
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
I: CYCLOSPORIN A
J: CYCLOSPORIN A
K: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,68311
ポリマ－65,2896
非ポリマー3945
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area22490 Å2
手法PISA
9
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
L: CYCLOSPORIN A
M: CYCLOSPORIN A
N: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,72312
ポリマ－65,2896
非ポリマー4346
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
10
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
J: CYCLOSPORIN A
L: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8248
ポリマ－43,5264
非ポリマー2984
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area16470 Å2
手法PISA
11
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
I: CYCLOSPORIN A
M: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8248
ポリマ－43,5264
非ポリマー2984
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
12
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C
K: CYCLOSPORIN A
N: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7587
ポリマ－43,5264
非ポリマー2323
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.203, 123.802, 135.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABCDEFIJKLMN

#1: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C / PPIase C / Cyclophilin C / Rotamase C


分子量: 20542.375 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 24-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIC, CYPC / プラスミド: PET28-LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45877, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド
CYCLOSPORIN A


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類) / 参照: NOR: NOR00033, Cyclosporin A

-
非ポリマー , 4種, 809分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 25% PEG550 MME, 10MM ZINC ACETATE, 100MM MES, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97949
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.4 Å / Num. obs: 95283 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→36.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.007 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 4733 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 90042 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20 Å2
2---1.46 Å20 Å2
3---2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8826 0 35 798 9659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0229048
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.96812258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.26551104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.36324.138348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.992151416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0541530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.24316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.26233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3380.214
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1640.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.72635802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59749180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.34953654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9273078
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 332 -
Rwork0.227 6515 -
obs--97.61 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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