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Yorodumi- PDB-2he9: Structure of the peptidylprolyl isomerase domain of the human NK-... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2he9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the peptidylprolyl isomerase domain of the human NK-tumour recognition protein | ||||||
Components | NK-tumor recognition protein | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Cyclosporin / Membrane / Rotamase / Peptidylprolyl isomerase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Walker, J.R. / Davis, T. / Newman, E.M. / MacKenzie, F. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Walker, J.R. / Davis, T. / Newman, E.M. / MacKenzie, F. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: PLoS Biol. / Year: 2010Title: Structural and biochemical characterization of the human cyclophilin family of peptidyl-prolyl isomerases. Authors: Davis, T.L. / Walker, J.R. / Campagna-Slater, V. / Finerty, P.J. / Paramanathan, R. / Bernstein, G. / MacKenzie, F. / Tempel, W. / Ouyang, H. / Lee, W.H. / Eisenmesser, E.Z. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2he9.cif.gz | 154.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2he9.ent.gz | 123.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2he9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2he9_validation.pdf.gz | 440.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2he9_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | Display | |
| Data in XML | 2he9_validation.xml.gz | 17.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 2he9_validation.cif.gz | 24.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2he9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2he9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1zkcC ![]() 2eslC ![]() 2gw2C ![]() 2hq6C ![]() 2r99C ![]() 1zcx S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21219.324 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: peptidylprolyl isomerase cyclophilin-type domain (residues 7-179) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NKTR / Plasmid: pET28-LIC / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.3 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Well solution: 21% Peg 3350, 0.25M potassium sulfate; Protein solution: 50 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 15 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 |
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 10, 2006 |
| Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→20 Å / Num. all: 23807 / Num. obs: 23807 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 15.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 6.5 % / Num. unique all: 2317 / Rsym value: 0.769 / % possible all: 98.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: pdb entry 1ZCX ![]() 1zcx Resolution: 2→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.955 / SU ML: 0.099 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.147 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 20.605 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→19.91 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.004→2.056 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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