PDB-2hq6: Structure of the Cyclophilin_CeCYP16-Like Domain of the Serologic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hq6

タイトル

Structure of the Cyclophilin_CeCYP16-Like Domain of the Serologically Defined Colon Cancer Antigen 10 from Homo Sapiens

要素

Serologically defined colon cancer antigen 10

キーワード

ISOMERASE / PROTEIN FOLDING / PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

U2-type precatalytic spliceosome / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / protein folding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Davis, T. / Paramanathan, R. / Newman, E.M. / Finerty Jr., P.J. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characterization of the human cyclophilin family of peptidyl-prolyl isomerases.
著者: Davis, T.L. / Walker, J.R. / Campagna-Slater, V. / Finerty, P.J. / Paramanathan, R. / Bernstein, G. / MacKenzie, F. / Tempel, W. / Ouyang, H. / Lee, W.H. / Eisenmesser, E.Z. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2006年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hq6.cif.gz	86.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hq6.ent.gz	65.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/2hq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/2hq6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1zkcSC 2eslC 2gw2C 2he9C 2r99C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ok3-d 4n7d-d 1dy1-d 4n1m-d 4cdo-2 1rm8-d 6q2v-3 6q2v-1 2oju-2 4a0q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serologically defined colon cancer antigen 10

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.433, 84.433, 55.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Serologically defined colon cancer antigen 10 分子量: 20578.904 Da / 分子数: 1 / 断片: Cyclophilin_CeCYP16-Like Domain (residues 8-173) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCCAG10 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6UX04
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化	温度: 298 K 詳細: Protein is 20 mg/mL, in buffer containing 50 mM Tris pH 8.0, 500 mM NaCl, 5 mM BME; hanging drop, 1+1; precipitant is 20% Peg 3350, 0.2M NaI (no buffer); cryo was 20% glycerol, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→24.7 Å / Num. all: 22463 / Num. obs: 22463 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.136 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2241 / R_sym value: 0.61 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ZKC

1zkc

解像度: 1.75→24.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.708 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18093	1162	5.2 %	RANDOM
R_work	0.16671	-	-	-
obs	0.16744	21296	98.62 %	-
all	-	22773	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0.33 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1333	0	8	175	1516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.948	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.167	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.863	23.857	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.128	15	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.968	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.855	1.5	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.289	2	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.368	3	561
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.595	4.5	499

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	85	-
R_work	0.235	1574	-
obs	-	-	97.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.6359	-7.4785	-9.6627	7.7362	3.2908	7.0718	-1.2082	0.3226	-0.4758	0.4045	0.8643	-0.2025	0.218	0.2978	0.3439	0.0919	-0.0082	0.0375	0.243	-0.0482	0.109	42.5432	13.2146	22.8834
2	0.5919	0.3744	0.2175	0.4921	-0.6947	2.7932	-0.0139	-0.0747	0.0331	0.0818	-0.0922	-0.0762	-0.0613	0.1943	0.106	0.1166	-0.0037	-0.0051	0.1083	-0.0008	0.1448	54.5554	16.1237	4.9808
3	3.3221	-1.2661	-2.069	13.2766	-2.5017	8.9082	-0.0609	-0.2467	0.1075	0.391	0.0188	-0.4237	-0.2261	0.2576	0.0421	0.1244	-0.007	-0.0186	0.1494	-0.0054	0.1472	53.4341	7.9978	12.9654
4	2.6842	0.9995	-4.2322	2.1419	-2.6144	12.2681	-0.1564	-0.127	-0.1288	-0.076	-0.0043	-0.2101	0.5105	0.3552	0.1607	0.1114	0.0363	-0.0056	0.1068	-0.0018	0.1455	55.9949	2.4879	5.1764
5	4.6537	-1.3692	1.3095	5.1596	-0.0081	6.6867	-0.0632	0.1901	0.0874	-0.2202	0.0857	-0.2617	0.1162	0.1987	-0.0225	0.1019	-0.0007	0.036	0.1041	-0.014	0.1279	58.2424	8.2133	-5.9342
6	2.4821	-0.5522	-1.7556	1.6166	0.8414	4.6968	-0.072	0.0829	-0.0661	-0.0857	0.0791	0.1544	-0.0149	-0.1905	-0.0071	0.1217	-0.0118	-0.0051	0.0849	-0.0047	0.1443	42.4823	11.3054	-5.1723
7	5.7997	0.7642	1.2581	4.7414	-0.4204	4.2172	-0.171	-0.1078	-0.0268	-0.1867	0.0813	0.0479	0.1165	-0.1054	0.0896	0.1852	-0.001	0.002	0.0587	-0.038	0.1276	47.4577	2.7033	-11.0289
8	11.4785	-1.647	-2.2638	3.4306	1.6682	6.6246	-0.2139	-0.0714	-0.2589	0.1974	0.0638	-0.0988	0.5243	0.2	0.1502	0.2153	0.0611	0.0213	0.0447	0.0133	0.0848	53.0444	-4.7204	0.5029
9	2.2019	-2.1631	-4.0872	6.4053	1.1706	9.4775	0.1313	-0.188	-0.0227	0.0419	-0.0748	-0.2402	0.1425	-0.1043	-0.0565	0.0966	-0.0119	-0.0106	0.0905	-0.0116	0.1159	45.2172	-0.3923	12.5218
10	6.3157	-2.461	0.9072	5.8924	-1.9289	0.8872	-0.0453	-0.2158	0.1072	0.479	0.08	-0.1165	-0.1688	0.031	-0.0347	0.1666	0.0024	0.006	0.1096	-0.0105	0.1344	41.2681	8.8867	14.4086
11	0.9416	-0.6059	-0.411	1.048	0.1944	2.0711	-0.0047	0.0295	0.007	0	0.0837	-0.0022	0.243	-0.0662	-0.079	0.1467	-0.0117	0.0043	0.1028	0.0054	0.1325	44.5509	5.2105	1.9754
12	2.3618	0.1362	-0.2489	1.9971	-0.9466	0.4631	-0.0707	0.0006	-0.047	-0.1955	0.1444	0.2256	0.0967	-0.184	-0.0736	0.1669	-0.0103	-0.0084	0.0913	0.0082	0.0945	35.1227	11.0231	8.0198
13	4.7676	-2.058	-5.8706	8.9303	-1.0915	8.8633	-0.0841	0.2194	0.0231	-0.0487	0.1863	0.4549	0.2681	-0.1839	-0.1022	0.1754	-0.0268	-0.0171	0.0901	0.0044	0.1333	38.1473	1.8759	7.9107
14	1.1013	2.0265	-0.4713	14.1162	-0.2395	0.8942	0.0601	-0.11	0.0558	0.1691	-0.1016	0.033	-0.0516	0.1221	0.0415	0.1081	-0.01	-0.0026	0.1035	-0.0021	0.1332	48.9526	13.018	8.7446
15	5.3038	-0.7173	-0.379	2.0195	2.8467	4.0918	0.086	0.0521	0.1835	-0.0751	0.0036	-0.0752	-0.1767	-0.0403	-0.0896	0.118	-0.0108	0.0186	0.0871	0.024	0.1357	45.3331	22.4784	1.0406
16	49.4119	25.9097	30.8871	23.0838	13.342	35.8496	0.2498	0.3467	0.0072	-0.055	-0.1967	0.6314	0.198	-0.3711	-0.0531	0.097	0.0183	-0.0288	0.0935	0.0115	0.1541	37.2392	20.1353	-9.8763
17	12.9782	4.2013	-8.0783	13.4782	-12.1808	21.9312	-0.336	0.8666	0.1646	-0.9751	0.7619	0.8768	1.2802	-1.0524	-0.4259	0.186	-0.1001	-0.0718	0.1322	0.0092	0.1201	37.0409	13.4182	-13.0222
18	11.5305	-5.5062	6.5953	5.1942	-5.1072	5.3137	0.3447	0.3003	-0.1134	-0.5839	-0.1348	-0.0153	0.3157	0.2495	-0.2099	0.1595	0.0031	-0.0105	0.0968	-0.0096	0.1214	47.8027	17.9772	-10.0938
19	6.8285	-2.7375	15.3881	1.0975	-6.1691	34.6774	-0.2961	0.2608	0.3907	0.0779	-0.265	-0.3153	-0.7184	1.0811	0.5612	0.101	0.0142	0.0067	0.1694	0.0039	0.1331	60.2796	15.3555	-0.7567
20	8.4476	2.9933	1.7668	40.0016	2.6231	2.4147	0.201	-0.1496	-0.644	0.5233	-0.3303	-1.3516	0.0925	0.5172	0.1293	0.0481	0.0282	-0.026	0.1491	0.0417	0.1166	63.5394	6.6753	9.7425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 8	15 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	9 - 26	21 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	27 - 31	39 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	32 - 43	44 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	44 - 51	56 - 63
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	52 - 68	64 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	69 - 76	81 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	77 - 84	89 - 96
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	85 - 89	97 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	90 - 95	102 - 107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	96 - 116	108 - 128
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	117 - 122	129 - 134
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	123 - 127	135 - 139
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	128 - 136	140 - 148
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	137 - 145	149 - 157
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	146 - 150	158 - 162
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	151 - 156	163 - 168
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	157 - 161	169 - 173
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	162 - 167	174 - 179
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	168 - 172	180 - 184

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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