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Yorodumi- PDB-5boa: Crystal Structure of the Meningitis Pathogen Streptococcus suis a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5boa | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the Meningitis Pathogen Streptococcus suis adhesion Fhb bound to the disaccharide receptor Gb2 | |||||||||
Components | Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase) | |||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / protein-polysaccharide complex | |||||||||
Function / homology | fibrinogen binding / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / translation initiation factor activity / peptidoglycan-based cell wall / membrane / Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase) Function and homology information | |||||||||
Biological species | Streptococcus suis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.708 Å | |||||||||
Model details | sandwich core | |||||||||
Authors | Zhang, C. / Yu, Y. / Yang, M. / Jiang, Y. | |||||||||
Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2016 Title: Structural basis of the interaction between the meningitis pathogen Streptococcus suis adhesin Fhb and its human receptor. Authors: Zhang, C. / Hao, H. / Yu, Y. / Kong, D. / Chen, S. / Jiang, H. / Yuan, Y. / Zheng, Y. / Yang, M. / Jiang, Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5boa.cif.gz | 241 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5boa.ent.gz | 193.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5boa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5boa_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5boa_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 5boa_validation.xml.gz | 40.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5boa_validation.cif.gz | 55.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5boa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5boa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5bobS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25584.186 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: ligand binding domain (UNP RESIDUES 39-343) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus suis (strain 05ZYH33) (bacteria) Strain: 05ZYH33 / Gene: SSU05_0272 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A4VT01 #2: Polysaccharide | alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: PEG 3350, NH4Ac |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 36259 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.203 / Χ2: 1.994 / Net I/av σ(I): 25.6 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 782182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5BOB Resolution: 2.708→48.495 Å / FOM work R set: 0.7946 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.59 Å2 / Biso mean: 40.05 Å2 / Biso min: 18.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.708→48.495 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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