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万見
- PDB-5boa: Crystal Structure of the Meningitis Pathogen Streptococcus suis a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5boa
タイトルCrystal Structure of the Meningitis Pathogen Streptococcus suis adhesion Fhb bound to the disaccharide receptor Gb2
要素Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / protein-polysaccharide complex
機能・相同性fibrinogen binding / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / translation initiation factor activity / peptidoglycan-based cell wall / membrane / Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.708 Å
Model detailssandwich core
データ登録者Zhang, C. / Yu, Y. / Yang, M. / Jiang, Y.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of the interaction between the meningitis pathogen Streptococcus suis adhesin Fhb and its human receptor.
著者: Zhang, C. / Hao, H. / Yu, Y. / Kong, D. / Chen, S. / Jiang, H. / Yuan, Y. / Zheng, Y. / Yang, M. / Jiang, Y.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
B: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
C: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
D: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
E: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
F: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,55912
ポリマ－153,5056
非ポリマー2,0546
水00
1
A: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9262
ポリマ－25,5841
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9262
ポリマ－25,5841
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9262
ポリマ－25,5841
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9262
ポリマ－25,5841
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9262
ポリマ－25,5841
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9262
ポリマ－25,5841
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.488, 136.574, 75.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)


分子量: 25584.186 Da / 分子数: 6 / 断片: ligand binding domain (UNP RESIDUES 39-343) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus suis (strain 05ZYH33) (バクテリア)
株: 05ZYH33 / 遺伝子: SSU05_0272 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4VT01
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 3350, NH4Ac

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 36259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.203 / Χ2: 1.994 / Net I/av σ(I): 25.6 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 782182
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.7-2.7521.70.89517760.9460.1950.9161.1
2.75-2.821.60.79417760.9580.1740.8131.115
2.8-2.8521.70.72117710.9640.1570.7381.116
2.85-2.9121.70.61117910.970.1330.6261.254
2.91-2.9721.70.54417920.9770.1190.5571.169
2.97-3.0421.70.48417870.9790.1060.4951.247
3.04-3.1221.80.39818030.9880.0870.4071.29
3.12-3.221.80.32617680.990.0710.3341.42
3.2-3.321.80.29717960.9920.0650.3041.61
3.3-3.421.80.30318270.9930.0670.311.798
3.4-3.5221.80.43317750.9890.0960.4444.324
3.52-3.6621.70.30917900.9930.0670.3163.552
3.66-3.8321.60.17518140.9960.0390.182.07
3.83-4.0321.50.26718120.9950.0580.2734.303
4.03-4.2921.40.11218120.9980.0250.1151.754
4.29-4.62210.08718300.9990.0190.0891.486
4.62-5.0821.10.07918350.9990.0170.0811.292
5.08-5.8122.10.08318440.9990.0180.0851.265
5.81-7.3221.80.08418690.9990.0180.0861.219
7.32-5020.40.05519910.9940.0130.0575.412

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BOB

5bob


解像度: 2.708→48.495 Å / FOM work R set: 0.7946 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 1805 4.99 %
Rwork0.1905 34385 -
obs0.1942 36190 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.59 Å2 / Biso mean: 40.05 Å2 / Biso min: 18.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.708→48.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9277 0 138 0 9415
Biso mean--36.58 --
残基数----1169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19113050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9053404
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7078-2.7810.32181230.24132454257794
2.781-2.86280.34281370.237426072744100
2.8628-2.95520.32511510.227826232774100
2.9552-3.06080.33571420.223226082750100
3.0608-3.18330.31251370.211826402777100
3.1833-3.32820.28261360.195926282764100
3.3282-3.50360.33871330.204126312764100
3.5036-3.7230.27131340.194926552789100
3.723-4.01030.23741390.187626472786100
4.0103-4.41370.23211260.16526622788100
4.4137-5.05180.20531570.155526942851100
5.0518-6.36240.23421330.187127012834100
6.3624-48.50310.24911570.182228352992100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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