PDB-7brd: Crystal structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from Klebsiella pneu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7brd

タイトル

Crystal structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from Klebsiella pneumoniae

要素

Peptidyl-tRNA hydrolase

キーワード

HYDROLASE / tRNA-binding / Antibiotic target

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.892 Å

データ登録者

Mundra, S. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2021
タイトル: Structural and functional characterization of peptidyl-tRNA hydrolase from Klebsiella pneumoniae.
著者: Mundra, S. / Pal, R.K. / Tripathi, S. / Jain, A. / Arora, A.

履歴

登録	2020年3月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7brd.cif.gz	155.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7brd.ent.gz	116.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7brd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/7brd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/7brd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pthS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fop-d 4fno-1 3tg2-d 2bue-d 6ivv-d 2wv5-2 6vcj-4 5fra-5 5y9a-d 6jgu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

B: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

44.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Size exclusion chromatography was done using Superdex-75 10/300GL column (GE healthcare, Chicago, IL).
22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.203, 72.372, 77.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH 分子量: 21060.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: pth, BL124_00016980, EAO17_03025, F3P37_02700, SAMEA3538476_04832, SK89_03098 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V3K250, peptidyl-tRNA hydrolase

-
非ポリマー , 8種, 327分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate 0.1M Sodium cacodylate 30% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→31.97 Å / Num. obs: 31852 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.06 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Num. unique obs: 31899 / CC_1/2: 0.827 / R_pim(I) all: 0.271 / R_rim(I) all: 0.89 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PTH

2pth

解像度: 1.892→25.208 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 6.264 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2218	1537	4.825 %
R_work	0.1738	-	-
all	0.176	-	-
obs	-	31852	99.116 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.807 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.348 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.071 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.277 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.892→25.208 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2877	0	120	298	3295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.792	1.644	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.483	1.572	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.721	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.923	22.015	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.594	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.704	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.313	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.462	1.724	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.441	1.717	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.259	2.553	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.259	2.555	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.972	1.965	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.971	1.967	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.928	2.816	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.927	2.818	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.84	33.399	13238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.839	33.402	13239
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.124	0.05	5728

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.892-1.941	0.389	113	0.323	2055	X-RAY DIFFRACTION	92.9276
1.941-1.994	0.246	107	0.223	2145	X-RAY DIFFRACTION	99.6901
1.994-2.052	0.26	90	0.197	2156	X-RAY DIFFRACTION	99.9555
2.052-2.115	0.191	98	0.168	2035	X-RAY DIFFRACTION	99.9531
2.115-2.184	0.232	67	0.156	2028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.261	0.243	80	0.155	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.261-2.346	0.23	114	0.148	1850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.346-2.442	0.191	95	0.141	1782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.442-2.55	0.17	103	0.144	1700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.674	0.228	107	0.154	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.674-2.818	0.213	98	0.164	1542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.818-2.989	0.2	67	0.161	1510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.989-3.194	0.218	63	0.153	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.194-3.449	0.197	80	0.159	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.449-3.777	0.231	75	0.202	1164	X-RAY DIFFRACTION	96.6459
3.777-4.22	0.227	47	0.178	1093	X-RAY DIFFRACTION	96.7742
4.22-4.867	0.219	58	0.175	972	X-RAY DIFFRACTION	99.2293
4.867-5.949	0.219	27	0.184	869	X-RAY DIFFRACTION	100
5.949-8.36	0.268	30	0.198	677	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.44	-0.0284	-0.0306	0.2528	-0.1615	0.4802	0.0139	0.0003	0.003	-0.0056	0.0028	0.0006	-0.0044	0.0168	-0.0167	0.0007	-0.0006	-0.0014	0.0633	0.0111	0.0467	-6.419	-6.3588	26.5727
2	1.1299	-0.3054	0.0391	0.1708	0.0989	0.2325	-0.0455	-0.0886	0.0352	0.0053	0.0132	-0.0304	-0.0092	-0.042	0.0324	0.0062	0.0081	-0.0013	0.0758	0.0033	0.0489	-28.8598	15.655	22.0288

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 712
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 308

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