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Yorodumi- PDB-6vcj: Crystal structure of hsDHFR in complex with NADP+, DAP, and R-naproxen -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6vcj | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of hsDHFR in complex with NADP+, DAP, and R-naproxen | |||||||||
Components | Dihydrofolate reductase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / NADP+ / 2 / 4-diaminopyridine / R-naproxen / inhibitor / complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / one-carbon metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34 Å | |||||||||
Authors | Pedersen, L.C. / London, R.E. / Gabel, S.A. / Krahn, J.M. / DeRose, E.F. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2020Title: The Structural Basis for Nonsteroidal Anti-Inflammatory Drug Inhibition of Human Dihydrofolate Reductase. Authors: Duff Jr., M.R. / Gabel, S.A. / Pedersen, L.C. / DeRose, E.F. / Krahn, J.M. / Howell, E.E. / London, R.E. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6vcj.cif.gz | 355.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6vcj.ent.gz | 257 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6vcj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6vcj_validation.pdf.gz | 999.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6vcj_full_validation.pdf.gz | 1004.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6vcj_validation.xml.gz | 3.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6vcj_validation.cif.gz | 11.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vcj | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4m6jS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 21537.775 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DHFR / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 92 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-LG3 / #3: Chemical | ChemComp-NPX / ( #4: Chemical | ChemComp-NAP / #5: Chemical | ChemComp-FOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.26 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: Protein solution: 9mg/ml in 50mM NaCl, 10mM Tris, 5mM NADP+, 10mM 2,4-diaminopyrimidine, 20mM R-Naproxen Mother Liquor: 20% PEG 20,000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 21, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.339→50 Å / Num. obs: 31414 / % possible obs: 94.6 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 31.16 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.339→2.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 1495 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.385 / Rsym value: 0.516 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4M6J Resolution: 2.34→42.05 Å / SU ML: 0.2818 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 25.6832 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 37.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→42.05 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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