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- PDB-6vcj: Crystal structure of hsDHFR in complex with NADP+, DAP, and R-naproxen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vcj
タイトルCrystal structure of hsDHFR in complex with NADP+, DAP, and R-naproxen
要素Dihydrofolate reductaseジヒドロ葉酸レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADP+ (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / 2 / 4-diaminopyridine / R-naproxen / inhibitor (酵素阻害剤) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription / folic acid metabolic process / glycine biosynthetic process / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / dihydrofolate reductase activity / NADPH binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / tetrahydrofolate biosynthetic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / one-carbon metabolic process / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / ミトコンドリア / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ジヒドロ葉酸レダクターゼ / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
葉酸 / PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / (2R)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / ジヒドロ葉酸レダクターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / London, R.E. / Gabel, S.A. / Krahn, J.M. / DeRose, E.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES050111 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES102645 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: The Structural Basis for Nonsteroidal Anti-Inflammatory Drug Inhibition of Human Dihydrofolate Reductase.
著者: Duff Jr., M.R. / Gabel, S.A. / Pedersen, L.C. / DeRose, E.F. / Krahn, J.M. / Howell, E.E. / London, R.E.
履歴
登録2019年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
C: Dihydrofolate reductase
D: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,25220
ポリマ－86,1514
非ポリマー6,10116
水1,36976
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0635
ポリマ－21,5381
非ポリマー1,5254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0635
ポリマ－21,5381
非ポリマー1,5254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0635
ポリマ－21,5381
非ポリマー1,5254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0635
ポリマ－21,5381
非ポリマー1,5254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.397, 124.457, 84.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.346, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dihydrofolate reductase / ジヒドロ葉酸レダクターゼ


分子量: 21537.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHFR / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: P00374, ジヒドロ葉酸レダクターゼ

-
非ポリマー , 5種, 92分子

#2: 化合物
ChemComp-LG3 / PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE / 2,4-ジアミノピリミジン / 2,4-Diaminopyrimidine


分子量: 110.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NPX / (2R)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / (R)-Naproxen / (R)-ナプロキセン


分子量: 230.259 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸 / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H19N7O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein solution: 9mg/ml in 50mM NaCl, 10mM Tris, 5mM NADP+, 10mM 2,4-diaminopyrimidine, 20mM R-Naproxen Mother Liquor: 20% PEG 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.339→50 Å / Num. obs: 31414 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 31.16 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.339→2.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 1495 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.385 / Rsym value: 0.516

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M6J

4m6j


解像度: 2.34→42.05 Å / SU ML: 0.2818 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.6832
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 1570 5 %
Rwork0.1916 29816 -
obs0.194 31386 94.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→42.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5734 0 420 76 6230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56928652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00241076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.11912223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.410.31791260.27332392X-RAY DIFFRACTION82.05
2.41-2.50.3331410.25522686X-RAY DIFFRACTION95.19
2.5-2.60.30391480.23752803X-RAY DIFFRACTION97.26
2.6-2.720.26351470.22412792X-RAY DIFFRACTION97.32
2.72-2.860.30241450.23532761X-RAY DIFFRACTION96.77
2.86-3.040.27381460.22042782X-RAY DIFFRACTION96.44
3.04-3.280.30851460.22382783X-RAY DIFFRACTION96.51
3.28-3.610.25651330.19382521X-RAY DIFFRACTION87.94
3.61-4.130.17651480.16272814X-RAY DIFFRACTION97.4
4.13-5.20.19021460.13982755X-RAY DIFFRACTION95.33
5.2-42.050.17451440.16022727X-RAY DIFFRACTION92.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3271469720930.0863436574256-0.02959808878170.874267970369-5.52267618977E-50.006179810569320.186101410692-0.0184460916719-0.0827591451868-0.163795112352-0.1307242161750.2020528116850.03962156360260.1956448541030.02721698752780.252009169790.09872743378090.01500019588940.2533716219240.0006853919329070.12627299298310.6925770254-1.7884676397833.0424311665
20.07121174855670.143007608940.1802273860560.5093331140460.5229820177730.577115230353-0.218233007885-0.2042076767060.06363602656250.004625195680520.02784129257070.125152952347-0.2662413290590.000503236927794-0.1633258742660.2615618419740.148953683485-0.03722387262260.220357194207-0.01636229891830.1117559025925.3742266392710.579172678443.3359258493
30.00222555640117-0.0161714653586-0.005669427919820.4976238460650.15492758340.04840881565260.128115568180.08662726623740.110620590643-0.248473363601-0.131335503195-0.067143618836-0.193750781920.383625958965-0.002531952468180.197804722695-0.004720705317640.03619179338660.3453186460840.03173620656560.17181105300817.85774092460.55905787340644.7033674468
40.388700284374-0.1742528289920.2089817370460.227375014606-0.1217719540890.1578542795420.01794447101050.01158708647920.158342936595-0.0442914067867-0.177285799477-0.0543884584348-0.2255383584690.166050557744-0.01258357255610.213705841525-0.003348589844340.03382391943990.228557585070.002090073562890.11593843064514.4299770844.3297563971849.0382076508
50.09384646372760.0448755879720.1245069729990.236203548223-0.006876431606680.184072244690.0494361713506-0.177431649101-0.0483649883370.383113309886-0.03242012060050.02836032956240.0507134511942-0.1739605627340.002083570434610.200825291140.04095076717180.006695809005250.2201695873330.02876555161120.1514711994929.71081094333-2.4054111931354.325076344
60.004773389816650.00493381742611-0.001963874098480.00575139527953-0.004063419477540.00554642031308-0.1133368290210.0143577269731-0.1688095091270.02848829033380.0901394356006-0.1878708550530.00846033874677-0.2046462735694.22771653129E-60.3089171192910.11231144322-0.01384043409860.2196248455280.006355718776820.2259059174914.54018202939-10.16265922942.6595846935
70.0287837446769-0.1287172222140.0456805813141.23687046937-0.1849079773150.1154518158160.1173196597260.172440076386-0.0398267682942-0.457727007411-0.06434169979010.268801837160.02634940741420.1243124390780.1166957852380.2584127623140.0882176815388-0.03834019168390.26504353441-0.0451695084720.1686240055570.981955648628-0.98597576558133.0424329155
80.07228494810470.007341648832330.00387537904440.2092797035780.06163191992270.01912758457930.08793783768190.100784649722-0.244967809439-0.254901678251-0.307769547980.3324971555150.0227598693327-0.0515228660914-0.02219580485410.2436920839720.0427781075874-0.03394588059020.241430266742-0.07006119722650.283045135699-1.799409013071.0146178254133.3478600643
90.0697306319119-0.0744252710451-0.03858291917860.2697611408990.1586604935230.0921807997970.0755567643432-0.2870300394530.08649014524920.04945826442430.0511029019387-0.0353362729251-0.2638182706310.06262492530810.01417911104440.1531053363790.03120329201850.0518675082280.2971746458760.04859111304170.1354278076128.77859722136-4.2460415671490.3261681782
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320.132083598301-0.0911473056319-0.02324935451580.2742003183250.2356201212190.214532969011-0.102139064176-0.1510200736310.4942886796630.0241079084017-0.2353700473550.522163316982-0.16180576301-0.240936811212-0.008574916395280.36244552444-0.075607703309-0.05906332318090.324487754945-0.08096771334450.547393088185-7.82859114525-21.403075179366.4121239815
330.0231846775381-0.0141740345992-0.01430965586450.07608671525750.002785167159110.0173766223637-0.2061830673390.02145546166560.175488618513-0.115605461147-0.1235633366380.548601772363-0.12796213359-0.0739949153741-0.004695837300730.32335212241-0.0466505417385-0.04115670210130.381398986831-0.01573148088620.476630435741-9.51627820373-22.061145292161.5686860454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 65 through 75 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 76 through 117 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 118 through 126 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 127 through 174 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 175 through 186 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 27 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 28 through 39 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 40 through 70 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 71 through 100 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 101 through 117 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 118 through 138 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 139 through 148 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 149 through 185 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 2 through 27 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 28 through 39 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 40 through 59 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 60 through 101 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 102 through 148 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 149 through 158 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 159 through 186 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 2 through 27 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 28 through 39 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 40 through 59 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 60 through 87 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 88 through 101 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 102 through 111 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 112 through 126 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 127 through 138 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 139 through 174 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 175 through 186 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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