[日本語] English
万見
- PDB-2pth: PEPTIDYL-TRNA HYDROLASE FROM ESCHERICHIA COLI -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pth
タイトルPEPTIDYL-TRNA HYDROLASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素PEPTIDYL-TRNA HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / PEPTIDYL-TRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / tRNA binding / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / MIRS / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Fromant, M. / Plateau, P. / Blanquet, S.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure at 1.2 A resolution and active site mapping of Escherichia coli peptidyl-tRNA hydrolase.
著者: Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Fromant, M. / Plateau, P. / Blanquet, S.
履歴
登録1997年3月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYL-TRNA HYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9821
ポリマ－20,9821
非ポリマー00
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.240, 63.590, 62.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 PEPTIDYL-TRNA HYDROLASE


分子量: 20982.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: PTH / プラスミド: PUC18 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P0A7D1, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG6000,12% ISOPROPANOL, 0,1 M TRIS-CL PH7.5
結晶化
*PLUS
温度: 6 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Schmitt, E., (1997) Proteins.Struct.Funct.Genet., 28, 135.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-12 %PEG60001reservoir
212 %isopropanol1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir
42 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.994
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→28 Å / Num. obs: 55575 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 85.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.046

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: MIRS / 解像度: 1.2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: SOME WATER MOLECULES ARE IN CLOSE CONTACT. THESE MOLECULES SHOULD BE CONSIDERED AS ALTERNATE POSITIONS, NOT PRESENT SIMULTANEOUSLY IN THE ASYMMETRIC UNIT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 3276 6 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 53921 90.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.15 Å
Luzzati d res low-8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1480 0 0 181 1661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.25 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 369 6.3 %
Rwork0.281 5517 -
obs--80.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る