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- PDB-3bx8: Engineered Human Lipocalin 2 (LCN2), apo-form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bx8
タイトルEngineered Human Lipocalin 2 (LCN2), apo-form
要素ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
キーワードDE NOVO PROTEIN / PROTEIN BINDING / PROTEIN DESIGN / LIGAND BINDING PROTEIN
機能・相同性Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Schonfeld, D.L. / Chatwell, L. / Skerra, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High affinity molecular recognition and functional blockade of CTLA-4 by an engineered human lipocalin
著者: Schonfeld, D.L. / Matschiner, G. / Chatwell, L. / Trentmann, S. / Schlehuber, S. / Hohlbaum, A. / Skerra, A.
履歴
登録2008年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
B: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
C: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
D: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
E: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
F: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
G: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
H: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,24916
ポリマ－161,5428
非ポリマー2,7078
水5,891327
1
A: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4312
ポリマ－20,1931
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5912
ポリマ－20,1931
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5912
ポリマ－20,1931
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5912
ポリマ－20,1931
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4312
ポリマ－20,1931
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5912
ポリマ－20,1931
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4312
ポリマ－20,1931
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5912
ポリマ－20,1931
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.482, 92.861, 98.825
Angle α, β, γ (deg.)110.77, 90.00, 109.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2 / ENGINEERED LCN2 / ENGINEERED NEUTROPHIL-GELATINASE ASSOCIATED LIPOCALIN / ENGINEERED SIDEROCALIN


分子量: 20192.723 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNGAL62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.45
詳細: 1.45M ammonium sulphate, 0.1M Na-cacodylate, 0.1% (v/v) Anapoe X-405, pH 5.45, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月31日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 129807 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 3.2 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 27.3 / % possible all: 46.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1DFV chain B

1dfv


解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 5529 4.3 %
Rwork0.251 --
obs-107602 83.4 %
溶媒の処理Bsol: 46.986 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.87 Å2-6.967 Å2-0.737 Å2
2---16.052 Å2-2.51 Å2
3---8.182 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10540 0 172 327 11039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8392
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7252.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.374 -
Rwork0.352 -
obs-46.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2peg.par
X-RAY DIFFRACTION3peg26.par
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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