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- PDB-3c9q: Crystal structure of the uncharacterized human protein C8orf32 wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c9q
タイトルCrystal structure of the uncharacterized human protein C8orf32 with bound peptide
要素
  • Synthetic peptide
  • Uncharacterized protein C8orf32
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Medically relevant / putative involvement in human inherited ataxias and disorders of Purkinje cell degeneration / candidate gene important in the pathogenesis of T-cell prolymphocytic leukemia / gene associated with CRE-pathway activation / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


protein N-terminal glutamine amidohydrolase / protein-N-terminal glutamine amidohydrolase activity / protein-N-terminal asparagine amidohydrolase activity / protein modification process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein N-terminal glutamine amidohydrolase, alpha beta roll / Protein N-terminal glutamine amidohydrolase, alpha beta roll / Protein N-terminal glutamine amidohydrolase, alpha beta roll superfamily / Protein N-terminal glutamine amidohydrolase / N-terminal glutamine amidase / C8orf32 fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Protein N-terminal glutamine amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bitto, E. / Bingman, C.A. / McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the uncharacterized human protein C8orf32 with bound peptide.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2008年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein C8orf32
L: Synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,85013
ポリマ-23,9992
非ポリマー85111
4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.322, 64.039, 113.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS THE MONOMERIC COMPLEX OF THE PROTEIN C8ORF32 (CHAIN A) WITH BOUND PEPTIDE (CHAIN L)

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AL

#1: タンパク質 Uncharacterized protein C8orf32


分子量: 23721.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8orf32 / プラスミド: PVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q96HA8
#2: タンパク質・ペプチド Synthetic peptide


分子量: 277.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide

-
非ポリマー , 4種, 283分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : CO3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 291 K
詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.003 M Sodium azide, 0.0003 M TCEP, Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (1% Ethylene glycol, 1.8 ...詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.003 M Sodium azide, 0.0003 M TCEP, Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (1% Ethylene glycol, 1.8 M Ammonium sulfate, 0.10 M MES pH 6.0). Cryoprotected in four stages with well solution using 0 to 25 % ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月6日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.498→32.857 Å / Num. obs: 40943 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.075
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.498-1.536.90.5432.52625660.97495.9
1.53-1.578.10.47426500.98897.7
1.57-1.629.50.45526740.9999.2
1.62-1.66110.43326891100
1.66-1.7212.30.38227251.108100
1.72-1.78130.33626871.122100
1.78-1.8513.50.27727061.172100
1.85-1.9313.60.21527221.238100
1.93-2.0413.60.17227331.26100
2.04-2.1613.70.13527331.277100
2.16-2.3313.70.11827401.334100
2.33-2.5613.80.10927601.355100
2.56-2.9413.50.08627691.32100
2.94-3.713.30.06328171.22100
3.7-32.85712.60.05829721.2399.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 32.86 Å / Power centric: 0

IDR cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_100362384556
ANO_10.6451.771359780
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_16.58-32.8600345217
ISO_14.7-6.5800687230
ISO_13.85-4.700909223
ISO_13.34-3.85001117234
ISO_12.99-3.34001274229
ISO_12.73-2.99001410231
ISO_12.53-2.73001534226
ISO_12.37-2.53001652229
ISO_12.23-2.37001792232
ISO_12.12-2.23001881235
ISO_12.02-2.12001981216
ISO_11.94-2.02002093238
ISO_11.86-1.94002187236
ISO_11.79-1.86002258226
ISO_11.73-1.79002333222
ISO_11.68-1.73002439242
ISO_11.63-1.68002515231
ISO_11.58-1.63002599223
ISO_11.54-1.58002606230
ISO_11.5-1.54002626206
ANO_16.58-32.860.3933.3363450
ANO_14.7-6.580.43.2816870
ANO_13.85-4.70.5222.5289070
ANO_13.34-3.850.4642.89911170
ANO_12.99-3.340.4263.12412720
ANO_12.73-2.990.43.31514080
ANO_12.53-2.730.413.24415340
ANO_12.37-2.530.4273.07516520
ANO_12.23-2.370.4512.84617920
ANO_12.12-2.230.4962.45318810
ANO_12.02-2.120.5442.24719810
ANO_11.94-2.020.591.95120930
ANO_11.86-1.940.6491.7521870
ANO_11.79-1.860.7241.46722580
ANO_11.73-1.790.7581.31323330
ANO_11.68-1.730.8221.15124390
ANO_11.63-1.680.8540.97525110
ANO_11.58-1.630.8880.86125650
ANO_11.54-1.580.9180.82525240
ANO_11.5-1.540.9380.71824920
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
13.97458.56267.447SE11.271.13
29.05423.53791.296SE121.06
35.47228.398106.564SE11.20.91
43.39863.04683.004SE23.190.68
Phasing dm手法: Solvent flattening and histogram matching / 反射: 40794
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.84-10063.80.693503
5.24-6.8460.50.897581
4.4-5.2453.50.928705
3.87-4.454.30.936796
3.5-3.8753.70.933884
3.21-3.554.40.923968
2.99-3.2156.70.9131050
2.8-2.99500.9231091
2.65-2.853.40.9221157
2.52-2.6553.20.9141242
2.41-2.5253.40.9181275
2.31-2.4153.40.9241347
2.22-2.3154.30.9141390
2.14-2.2252.90.9221405
2.07-2.1453.40.9161518
2.01-2.0755.60.9161533
1.95-2.0154.70.9071579
1.89-1.9557.30.911612
1.85-1.8956.70.9071682
1.8-1.8560.70.8931687
1.76-1.860.80.8941780
1.72-1.7663.50.8881749
1.68-1.7263.70.8911838
1.65-1.68680.8861839
1.61-1.6567.40.8671916
1.58-1.61690.8691914
1.55-1.58710.8491932
1.53-1.5574.50.8361961
1.5-1.5375.40.7641860

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→32.857 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.989 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 2049 5.023 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.162 40794 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.013 Å20 Å20 Å2
2--0.122 Å20 Å2
3----0.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→32.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1606 0 49 272 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221741
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.9622370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5865207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.49423.8184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12815267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.371159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7931048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6451671
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0518800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.68912696
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 144 -
Rwork0.24 2695 -
obs--95.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.57256.54421.76062.55582.1755.6526-0.02340.34350.3461-0.09830.14480.1978-0.6986-0.0753-0.1214-0.02120.02730.0094-0.13510.006-0.073617.286830.562212.1676
21.65481.2053-0.10252.55360.19861.34430.006-0.00140.0814-0.10930.010.0269-0.1554-0.0992-0.0161-0.11980.01030.0002-0.10430.0037-0.134719.15920.02617.3989
32.0253-0.1079-0.62462.42830.08822.7045-0.0327-0.0773-0.0859-0.0939-0.0374-0.15770.11210.07630.0701-0.15840.0148-0.0327-0.1155-0.0165-0.153523.037315.794419.5667
42.43540.1269-1.05641.2684-0.7621.93690.0913-0.1860.20770.1494-0.10280.1259-0.1213-0.13950.0115-0.11-0.0047-0.015-0.0838-0.0127-0.11415.535418.136321.3008
50.225-0.2146-0.25733.5058-1.81821.5842-0.001-0.11550.02340.3246-0.0198-0.0365-0.1690.0060.0208-0.1145-0.0165-0.0036-0.0917-0.0035-0.112917.791618.717326.8157
60.1766-0.08190.32321.39540.47143.54390.0097-0.049-0.1253-0.0468-0.0127-0.06250.04550.05970.003-0.13830.02940.0034-0.12870.0027-0.105226.056311.15211.2026
726.7925-0.851-5.970222.0417-4.451812.8940.2108-0.3914-2.819-0.1007-0.32730.20971.42310.00140.11650.0754-0.0739-0.0587-0.00870.02120.15639.1638-0.67585.8466
85.5782-0.50290.8470.7653-0.06821.06580.00640.1692-0.3683-0.0873-0.0269-0.03470.14520.11420.0205-0.0906-0.00750.0067-0.0558-0.0281-0.108420.57518.9742.0155
91.23190.31630.06990.73791.7764.71050.0413-0.1678-0.10340.1742-0.0616-0.10260.24660.32620.0203-0.08940.0088-0.0138-0.04070.0308-0.06229.712911.661222.065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 1812 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2AA19 - 4219 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3AA43 - 6543 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4AA66 - 9266 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5AA93 - 12893 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6AA129 - 149129 - 149
7X-RAY DIFFRACTION7AA150 - 157150 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8AA158 - 173158 - 173
9X-RAY DIFFRACTION9AA174 - 202174 - 202

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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