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万見
- PDB-2cde: Structure and binding kinetics of three different human CD1d-alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cde
タイトルStructure and binding kinetics of three different human CD1d-alpha- Galactosylceramide specific T cell receptors - iNKT-TCR
要素(INKT-TCR) x 2
キーワードCELL RECEPTOR / T CELL RECEPTOR / TCR / NATURAL KILLER T CELL / CD1D / ALPHA- GALACTOSYLCERAMIDE / MHC CLASS I
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gadola, S.D. / Koch, M. / Marles-Wright, J. / Lissin, N.M. / Sheperd, D. / Matulis, G. / Harlos, K. / Villiger, P.M. / Stuart, D.I. / Jakobsen, B.K. ...Gadola, S.D. / Koch, M. / Marles-Wright, J. / Lissin, N.M. / Sheperd, D. / Matulis, G. / Harlos, K. / Villiger, P.M. / Stuart, D.I. / Jakobsen, B.K. / Cerundolo, V. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2006
タイトル: Structrue and Binding Kinetics of Three Different Human Cd1D-Alpha-Galactosylceramide-Specific T Cell Receptors
著者: Gadola, S.D. / Koch, M. / Marles-Wright, J. / Lissin, N.M. / Sheperd, D. / Matulis, G. / Harlos, K. / Villiger, P.M. / Stuart, D.I. / Jakobsen, B.K. / Cerundolo, V. / Jones, E.Y.
履歴
登録2006年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INKT-TCR
B: INKT-TCR
C: INKT-TCR
D: INKT-TCR
E: INKT-TCR
F: INKT-TCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1456
ポリマ－147,1456
非ポリマー00
水00
1
A: INKT-TCR
B: INKT-TCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0482
ポリマ－49,0482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: INKT-TCR
D: INKT-TCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0482
ポリマ－49,0482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: INKT-TCR
F: INKT-TCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0482
ポリマ－49,0482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)289.360, 84.950, 78.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.844404, 0.535675, -0.005903), (-0.5355, -0.843719, 0.037117), (0.014903, 0.034503, 0.999293)262.5757, 214.3092, 14.4407
2given(0.839673, -0.542482, -0.025737), (-0.541724, -0.839979, 0.031155), (-0.038519, -0.012217, -0.999183)10.334, 215.7126, 65.4295

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要素

#1: 抗体 INKT-TCR


分子量: 21345.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HUMAN INVARIANT NATURAL KILLER T CELL RECEPTOR VALPHA 24 AND VBETA11
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: NATURAL KILLER T CELL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質 INKT-TCR


分子量: 27702.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HUMAN INVARIANT NATURAL KILLER T CELL RECEPTOR VALPHA 24 AND VBETA11
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: NATURAL KILLER T CELL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01850*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
結晶化詳細: 0.5 M NACL, 11 % PEG 8000, 50 MM HEPES PH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 23622 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MI5

1mi5


解像度: 3.5→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5 / 立体化学のターゲット値: RESIDUAL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3504 1193 5 %RANDOM
Rwork0.283 ---
obs0.283 23435 98.9 %-
溶媒の処理Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.291 Å20 Å2-7.262 Å2
2---17.073 Å20 Å2
3---14.782 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10330 0 0 0 10330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005938
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19976
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.66 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 142 5.2 %
Rwork0.347 2905 -
obs--34.66 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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