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- PDB-6xqq: Structure of human D462-E4 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xqq
タイトルStructure of human D462-E4 TCR
要素
  • TRAV12-2 alpha chain
  • TRBV29-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / MAIT / MR1 / Metabolite presentation
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Awad, W. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Atypical TRAV1-2 - T cell receptor recognition of the antigen-presenting molecule MR1.
著者: Awad, W. / Meermeier, E.W. / Sandoval-Romero, M.L. / Le Nours, J. / Worley, A.H. / Null, M.D. / Liu, L. / McCluskey, J. / Fairlie, D.P. / Lewinsohn, D.M. / Rossjohn, J.
履歴
登録2020年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAV12-2 alpha chain
B: TRBV29-1
C: TRAV12-2 alpha chain
D: TRBV29-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9625
ポリマ－100,8704
非ポリマー921
水2,738152
1
A: TRAV12-2 alpha chain
B: TRBV29-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5273
ポリマ－50,4352
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
2
C: TRAV12-2 alpha chain
D: TRBV29-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4352
ポリマ－50,4352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.222, 115.222, 183.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4

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要素

#1: タンパク質 TRAV12-2 alpha chain


分子量: 22740.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 TRBV29-1


分子量: 27694.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 16-24% PEG3350, 100 mM Bis Tris Propane, 200 mM Sodium Fluoride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→41.99 Å / Num. obs: 35384 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 45.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.62
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / Num. unique obs: 3444 / CC1/2: 0.799

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L4T

4l4t


解像度: 2.68→41.99 Å / SU ML: 0.2802 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 19.4474
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 1782 5.04 %
Rwork0.1936 33601 -
obs0.1951 35383 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→41.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 6 152 6882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00176936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46189454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04121044
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.72982468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.750.29691430.26042505X-RAY DIFFRACTION99.14
2.75-2.830.2791400.25542512X-RAY DIFFRACTION99.29
2.83-2.920.27351450.23132524X-RAY DIFFRACTION99.37
2.93-3.030.28211210.22432553X-RAY DIFFRACTION99.52
3.03-3.150.23921250.21882555X-RAY DIFFRACTION99.55
3.15-3.290.26171330.2122560X-RAY DIFFRACTION99.41
3.29-3.470.25981360.20032560X-RAY DIFFRACTION99.67
3.47-3.680.22531440.19672562X-RAY DIFFRACTION99.67
3.69-3.970.21291370.17782576X-RAY DIFFRACTION99.74
3.97-4.370.19181310.15842589X-RAY DIFFRACTION99.89
4.37-50.16711340.14642638X-RAY DIFFRACTION99.93
5-6.290.19091550.18382643X-RAY DIFFRACTION99.93
6.3-41.990.22951380.21082824X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45346628334-0.3854902301050.1959295578910.2292178955660.09438294748770.202777311264-0.104762285552-0.49938848717-0.213217771292-0.3534166973-0.108809352214-0.3172806409690.0978325633986-0.1600578254340.01747919650390.346832132753-0.06732770210090.1796629432720.283819824024-0.1246975157170.4815170688927.614416942125.335694921882.1520769898
20.126279230515-0.1696750700840.2823504813080.516311037906-0.2934539352640.3073138633080.13721822716-0.510825262584-0.731126364835-0.384185546760.8356657250460.4225018173070.407847344793-0.3925736002360.1858684943150.1477199361640.3277678413270.593720134419-0.0650633947322-0.4643820492720.066723731939435.188620022521.798398054188.1626743117
30.0932150060379-0.319625993674-0.08572450015410.5296775980230.09203024182690.048640144553-0.4462086425760.454482195005-0.09533010305110.13491383556-0.286459195118-0.8578847121090.34034830467-0.221024770178-0.640040732705-0.1494908206940.5256663158151.03736387213-0.249420473971-0.74016514807-0.33715525566632.158083316723.137051883982.6203329195
40.4345396627860.22823751974-0.01122644650660.672319641041-0.08041913209110.302838130350.2080228181150.3145957201730.4616267863540.090068621645-0.0306277094202-0.08698606665350.0105676928467-0.1809267177240.01670514325630.3182386888930.04311661111630.1474679934950.4373451551710.03313359694790.38067499826849.858861115238.7980560459.8931914977
51.18925123222-0.380403223973-0.4343138404211.419064960210.1277956186070.553320920543-0.0116524135174-0.06706868154420.009036838411650.07917620960190.07563990589020.348839757096-0.149913913536-0.0327684732540.133063565850.324316632009-0.00713055636740.1340366307460.253286919731-0.07668074416210.23554655638239.83221706312.8996902883373.8748351015
60.483581096546-0.59346821612-0.2847696066171.27609835328-0.5353091573330.5083380090860.1303933422330.113283232490.1246851773-0.0451969204514-0.152272630514-0.1153817339780.116651985179-0.0892038437727-5.78365249975E-50.262190845964-0.03516927067280.07887993419060.284218758445-0.03982356797110.2409876133558.587698978524.375069806562.4872470298
70.140300725781-0.31256419089-0.1073069366580.2556787071720.04312292957310.198454682912-0.1983151602450.0577175751161-0.33912032595-0.01128620363290.1704400422370.07197990644320.1937425027730.03602876683040.006165217370330.205195636279-0.0230687483496-0.07498841611420.3289857357850.1624009299080.4129783412972.2007264672-30.398622550759.6223407958
80.788079947997-0.434285683583-0.01928124313010.2468762836030.1489612918190.5528927307740.08444291423790.118369523776-0.01632662713250.0353107783275-0.1080007013850.115495622019-0.0264251375350.08965886731126.89424934956E-50.2623583543660.0107417292471-0.06152079723040.2523269337980.04550100993440.31935135565767.076327318-26.140235472355.1391464714
90.04057958131110.03449148655010.06759793161390.1277211881350.1851579916820.0761014082679-0.131716917151-0.1793439576760.438526532835-0.373020933536-0.0277203675989-0.06877680871660.530821901741-0.0821751202206-0.008897091169930.326548368692-0.096846967148-0.04282971230730.336707726920.1614688585030.45051230022788.3544658835-14.162306344358.0487628633
100.4030229226020.0290295795225-0.2415163717590.424772934421-0.329015336510.688347408726-0.164285937505-0.290248381075-0.04241272167520.0521837097074-0.599365622682-0.711915986650.5816676018520.594984910366-0.2117274373790.325671556273-0.0732969953692-0.1496911348540.665717595820.3355641509390.54584459329692.1105485682-2.4616784236267.2999364591
110.83610550552-0.780782286134-0.3938620832490.675408251280.650165092570.436792413497-0.00449130399132-0.115455145103-0.4197942513480.114905840012-0.111486005274-0.0222338847532-0.05617551205910.00148875179713-0.001327881575220.366083196223-0.04348322545790.05124185829630.309793592318-0.003224973349060.34778212105252.395995695-15.076895214769.1849770994
120.410159873219-0.13175699141-0.1494180840850.5852468836430.4460839348930.462326971739-0.05787843059-0.2764818317920.246628128780.0498457042647-0.138323610972-0.09963282148750.04273085970510.0446603871314-0.02480980230940.30162251446-0.07884922490820.04154244390310.4386376210640.03196175702740.29450400528176.72402122535.4537640799567.2964702218
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 32 )AA5 - 321 - 28
22chain 'A' and (resid 33 through 67 )AA33 - 6729 - 63
33chain 'A' and (resid 68 through 110 )AA68 - 11064 - 106
44chain 'A' and (resid 111 through 201 )AA111 - 201107 - 197
55chain 'B' and (resid 2 through 127 )BC2 - 1271 - 128
66chain 'B' and (resid 128 through 247 )BC128 - 247129 - 249
77chain 'C' and (resid 5 through 32 )CD5 - 321 - 28
88chain 'C' and (resid 33 through 104 )CD33 - 10429 - 101
99chain 'C' and (resid 105 through 118 )CD105 - 118102 - 115
1010chain 'C' and (resid 119 through 200 )CD119 - 200116 - 193
1111chain 'D' and (resid 2 through 112 )DE2 - 1121 - 113
1212chain 'D' and (resid 113 through 247 )DE113 - 247114 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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