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万見
- PDB-3skn: Crystal structure of the RL42 TCR unliganded -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3skn
タイトルCrystal structure of the RL42 TCR unliganded
要素
  • RL42 T cell receptor, alpha chain
  • RL42 T cell receptor, beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha chain constant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gras, S. / Wilmann, P.G. / Zhenjun, C. / Hanim, H. / Yu Chih, L. / Kjer-Nielsen, L. / Purcell, A.W. / Burrows, S.R. / Mccluskey, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: A structural basis for varied alpha-beta TCR usage against an immunodominant EBV antigen restricted to a HLA-B8 molecule.
著者: Gras, S. / Wilmann, P.G. / Chen, Z. / Halim, H. / Liu, Y.C. / Kjer-Nielsen, L. / Purcell, A.W. / Burrows, S.R. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2011年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RL42 T cell receptor, alpha chain
B: RL42 T cell receptor, beta chain
C: RL42 T cell receptor, alpha chain
D: RL42 T cell receptor, beta chain
E: RL42 T cell receptor, alpha chain
F: RL42 T cell receptor, beta chain
G: RL42 T cell receptor, alpha chain
H: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,5958
ポリマ－200,5958
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RL42 T cell receptor, alpha chain
D: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1492
ポリマ－50,1492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
3
E: RL42 T cell receptor, alpha chain
F: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1492
ポリマ－50,1492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
4
G: RL42 T cell receptor, alpha chain
H: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1492
ポリマ－50,1492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
5
A: RL42 T cell receptor, alpha chain
B: RL42 T cell receptor, beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1492
ポリマ－50,1492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.970, 77.810, 99.640
Angle α, β, γ (deg.)69.350, 72.200, 83.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
RL42 T cell receptor, alpha chain


分子量: 22686.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#2: タンパク質
RL42 T cell receptor, beta chain


分子量: 27462.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M magnesium formate, 13% PEG 3350, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 43561 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 52.699 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.98
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.9-30.5772.41167094233197.2
3-3.10.4173.27145453676197.9
3.1-3.20.2964.54126323196197.7
3.2-3.30.2285.85113042863197.6
3.3-3.40.1827.23100682553197.4
3.4-3.50.1528.4987062210198
3.5-40.11511.21319198171197.6
4-4.50.06617.24194354958197.9
4.5-50.05420.65123543182197.8
5-60.05819.61140453594198
6-100.05222.01149193863198
10-1000.04130.7439951062196.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1kgc

1kgc


解像度: 2.9→45.492 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7477 / SU ML: 0.48 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2917 2011 5.04 %
Rwork0.194 --
obs0.1989 39927 89.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.596 Å2 / ksol: 0.281 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 261.02 Å2 / Biso mean: 61.2564 Å2 / Biso min: 3.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.482 Å2-5.5733 Å2-5.6787 Å2
2--2.5874 Å23.0767 Å2
3----5.0694 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13796 0 0 0 13796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91819231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7755157
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9001-3.00370.44391850.31923144332974
3.0037-3.12390.3961730.28723344351779
3.1239-3.26610.38261670.27283641380886
3.2661-3.43820.3811900.23413820401091
3.4382-3.65350.29212270.20293813404090
3.6535-3.93550.30592170.20213892410992
3.9355-4.33120.28892130.16833988420195
4.3312-4.95730.23422020.14364082428497
4.9573-6.24310.24532070.15454088429597
6.2431-45.49760.21112300.14684104433498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30130.0864-0.1880.0253-0.09320.7712-0.01350.0893-0.1417-0.0025-0.01020.02090.0881-0.03330.2390.05030.02490.04940.2308-0.05030.1342-7.842749.9426-3.9821
20.86070.5257-0.17970.47780.19340.9623-0.1709-0.0547-0.1699-0.1478-0.15230.04120.03410.0147-0.00710.14380.11620.16050.23450.01880.307720.986834.12894.1674
30.6877-0.04870.2040.4626-0.4691.83260.02390.1863-0.0761-0.20190.3370.14720.4415-0.47480.27640.1415-0.1488-0.07060.24890.09670.1607-19.671929.84561.3305
40.55120.377-0.19781.1634-1.04051.3353-0.0936-0.1849-0.0071-0.1995-0.4107-0.30560.09260.408-0.19960.05410.10160.02750.1440.02310.22998.716724.68912.1024
50.57810.1862-0.08660.2847-0.34720.5785-0.14690.25970.0622-0.11530.0257-0.06740.0215-0.0950.01350.1243-0.0732-0.0217-0.0811-0.1279-0.04246.99862.9873-15.6575
60.35850.09850.12130.5118-0.09520.8552-0.233-0.0416-0.2385-0.4026-0.0835-0.44980.0279-0.1473-0.04710.3724-0.07570.34260.3443-0.02370.29253.817248.5046-36.8493
71.22540.1879-0.2331.0275-0.13591.42020.06760.03810.16990.2936-0.2457-0.1096-0.18230.4423-0.00090.1432-0.00890.01340.14230.12520.309326.665177.1007-20.3241
81.44781.0371-0.24570.8146-0.06031.0893-0.41550.2942-0.0751-0.49090.1944-0.1850.2039-0.0785-0.01410.1741-0.05590.03670.16180.03850.110711.004963.6053-43.0573
90.65560.50480.34040.79970.12660.33850.0694-0.116-0.09420.26770.1096-0.13440.05870.04070.09780.08050.04890.0559-0.0761-0.1272-0.0612-0.404463.786424.7261
100.62920.37960.24290.52790.30150.32460.3418-0.19470.00590.6362-0.1238-0.02770.5492-0.29560.02970.7731-0.31740.06220.7067-0.10120.0482-4.061159.208657.404
110.4212-0.26290.13430.5191-0.06710.1421-0.1868-0.20580.09520.14530.15290.02290.0137-0.0334-0.00470.12840.09650.07070.1462-0.10510.30949.497185.428629.064
120.95350.9022-0.1331.5913-0.02920.75570.4482-0.3310.00990.8402-0.3002-0.37660.3669-0.142-0.00970.478-0.094-0.13010.1878-0.06820.07668.240171.271256.3334
130.560.13040.20210.8116-0.40410.3874-0.04720.0407-0.0267-0.01550.0823-0.0738-0.0443-0.09120.00950.16560.0017-0.13180.04890.03740.1411-18.123751.218425.068
140.27110.0763-0.16810.5293-0.39110.41460.0776-0.07810.3333-0.02060.03050.04060.12560.38810.00020.17650.1357-0.01920.2552-0.00010.3395-29.488474.056216.2799
151.1821-0.5715-0.01231.1072-0.53841.2940.0494-0.1046-0.11780.0172-0.04860.0140.1708-0.4186-0.00740.2748-0.10170.0090.1559-0.01960.0263-36.627238.749133.9487
161.05191.1809-0.5171.3631-0.46520.5403-0.21240.12440.5454-0.24840.16660.58280.02660.0840.00530.19250.0395-0.16880.21330.09260.1373-43.246862.051915.31
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:108)A2 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 109:198)A109 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 2:114)B2 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 115:242)B115 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 2:135)C2 - 135
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 136:198)C136 - 198
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 2:117)D2 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 118:242)D118 - 242
9X-RAY DIFFRACTION9(chain E and resid 2:112)E2 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 113:198)E113 - 198
11X-RAY DIFFRACTION11(chain F and resid 2:111)F2 - 111
12X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resid 112:242)F112 - 242
13X-RAY DIFFRACTION13(chain G and resid 2:128)G2 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14(chain G and resid 129:198)G129 - 198
15X-RAY DIFFRACTION15(chain H and resid 2:114)H2 - 114
16X-RAY DIFFRACTION16(chain H and resid 115:242)H115 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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