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- PDB-1kb5: MURINE T-CELL RECEPTOR VARIABLE DOMAIN/FAB COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kb5
タイトルMURINE T-CELL RECEPTOR VARIABLE DOMAIN/FAB COMPLEX
要素
  • (ANTIBODY DESIRE-1) x 2
  • (KB5-C20 T-CELL ANTIGEN RECEPTOR) x 2
キーワードCOMPLEX (IMMUNOGLOBULIN/RECEPTOR) / T-CELL RECEPTOR / STRAND SWITCH / FAB / ANTICLONOTYPIC / (IMMUNOGLOBULIN/RECEPTOR) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-RECEPTOR) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / T cell receptor complex / phagocytosis, engulfment ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / T cell receptor complex / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin mediated immune response / regulation of proteolysis / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / multivesicular body / B cell differentiation / response to bacterium / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A / T-cell receptor beta chain V region E1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Housset, D. / Mazza, G. / Gregoire, C. / Piras, C. / Malissen, B. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: The three-dimensional structure of a T-cell antigen receptor V alpha V beta heterodimer reveals a novel arrangement of the V beta domain.
著者: Housset, D. / Mazza, G. / Gregoire, C. / Piras, C. / Malissen, B. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: An Alphabeta T Cell Receptor Structure at 2.5 A and its Orientation in the Tcr-Mhc Complex
著者: Garcia, K.C. / Degano, M. / Stanfield, R.L. / Brunmark, A. / Jackson, M.R. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure of the Complex between Human T-Cell Receptor, Viral Peptide and Hla-A2
著者: Garboczi, D.N. / Ghosh, P. / Utz, U. / Fan, Q.R. / Biddison, W.E. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the Beta Chain of a T Cell Antigen Receptor
著者: Bentley, G.A. / Boulot, G. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the V Alpha Domain of a T Cell Antigen Receptor
著者: Fields, B.A. / Ober, B. / Malchiodi, E.L. / Lebedeva, M.I. / Braden, B.C. / Ysern, X. / Kim, J.K. / Shao, X. / Ward, E.S. / Mariuzza, R.A.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Engineered Secreted T-Cell Receptor Alpha Beta Heterodimers
著者: Gregoire, C. / Rebai, N. / Schweisguth, F. / Necker, A. / Mazza, G. / Auphan, N. / Millward, A. / Schmitt-Verhulst, A.M. / Malissen, B.
履歴
登録1997年4月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52023年8月9日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KB5-C20 T-CELL ANTIGEN RECEPTOR
B: KB5-C20 T-CELL ANTIGEN RECEPTOR
L: ANTIBODY DESIRE-1
H: ANTIBODY DESIRE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5014
ポリマ－73,5014
非ポリマー00
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)187.310, 80.950, 52.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 KB5-C20 T-CELL ANTIGEN RECEPTOR / TCR VAPLHA VBETA DOMAIN


分子量: 12809.139 Da / 分子数: 1 / 断片: FV FRAGMENT, VARIABLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 24 RESIDUE LINK BETWEEN VALPHA C-TERMINUS AND VBETA N-TERMINUS
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: T-CELL / 細胞内の位置: SURFACE / 細胞内の位置 (発現宿主): MYELOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 554285
#2: タンパク質 KB5-C20 T-CELL ANTIGEN RECEPTOR / TCR VAPLHA VBETA DOMAIN


分子量: 13381.247 Da / 分子数: 1 / 断片: FV FRAGMENT, VARIABLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 24 RESIDUE LINK BETWEEN VALPHA C-TERMINUS AND VBETA N-TERMINUS
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: T-CELL / 細胞内の位置: SURFACE / 細胞内の位置 (発現宿主): MYELOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P04214
#3: 抗体 ANTIBODY DESIRE-1


分子量: 23624.062 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CLEAVED BY PAPAIN / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: IGG2A / 参照: UniProt: P01837
#4: 抗体 ANTIBODY DESIRE-1


分子量: 23686.391 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CLEAVED BY PAPAIN / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: IGG2A / 参照: UniProt: P01865
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE TCR FV FRAGMENT AND THE VARIABLE REGIONS OF THE FAB DESIRE-1 HAVE BEEN NUMBERED AS DESCRIBED IN ...THE TCR FV FRAGMENT AND THE VARIABLE REGIONS OF THE FAB DESIRE-1 HAVE BEEN NUMBERED AS DESCRIBED IN KABAT ET AL., 1991. A FEW DISORDERED SIDE CHAINS LOCATED AT THE SURFACE HAVE A 0.5 OCCUPANCY. ASP A 120 IS THE FIRST RESIDUE OF THE LINKER BETWEEN VALPHA AND VBETA CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化pH: 7.2
詳細: 15% PEG6000, 100MM HEPES PH 6.9-7.5, 200MM NACL, 0.1% NAN3, pH 7.2
PH範囲: 6.9-7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 6.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 %PEG60001reservoir
2100 mMHEPES1reservoir
3200 mM1reservoirNaCl
40.1 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.9786
検出器検出器: CCD / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 24517 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rsym value: 0.086
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.7 % / Rsym value: 0.395 / % possible all: 64.9
反射
*PLUS
Observed criterion σ(F): 3 / Num. measured all: 75774 / Rmerge(I) obs: 0.086

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1VFA, 1MLB, 1FLR, 1BEC

1vfa

1mlb

1flr

1bec


解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.219 ---
obs0.221 20232 --
Rfree-1048 5 %RANDOM
原子変位パラメータBiso mean: 48.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5172 0 0 266 5438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.1120.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.591
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.751.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.262
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2130.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 20232 / Num. reflection obs: 18105 / σ(F): 3 / Rfactor all: 0.221 / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.315
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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