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万見
- PDB-2aif: Crystal Structure of High Mobility Like Protein, NHP2, putative f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aif
タイトルCrystal Structure of High Mobility Like Protein, NHP2, putative from Cryptosporidium parvum
要素ribosomal protein L7A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CYTOKINE / ribosomal protein / High-mobility like protein / Transcription factor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribosome / nucleolus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30/S12 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal protein L7A / Ribonucloprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Alam, Z. / Melone, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Hui, R. ...Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Alam, Z. / Melone, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Hui, R. / Bochkarev, A. / Artz, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2005年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 1 chain. ...BIOMOLECULE: 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 1 chain. The biological unit of the protein is not known.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribosomal protein L7A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4721
ポリマ－14,4721
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.703, 90.703, 31.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細biological unit unknown

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要素

#1: タンパク質 ribosomal protein L7A


分子量: 14472.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7YYQ3, UniProt: A0A7G2HK80*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.6 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M Sodium Citrate and 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月23日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→17.9 Å / Num. all: 6861 / Num. obs: 6861 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.895→1.93 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 228 / Rsym value: 0.397 / % possible all: 61.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
JDirectorデータ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E7K

1e7k


解像度: 1.895→17.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.955 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27028 499 7.3 %RANDOM
Rwork0.19825 ---
obs0.20335 6358 89.86 %-
all-6358 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.988 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å2-1.15 Å20 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3---3.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→17.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数870 0 0 30 900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2791.9991195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3085114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.69725.71435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.11315161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.825155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3461.5595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2162929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6533315
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2474.5266
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 30 -
Rwork0.25 321 -
obs--61.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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