[日本語] English
万見
- PDB-3siq: Crystal Structure of autoinhibited dIAP1-BIR1 domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3siq
タイトルCrystal Structure of autoinhibited dIAP1-BIR1 domain
要素Apoptosis 1 inhibitor
キーワードLIGASE / dIAP1-BIR1 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / DS ligand bound to FT receptor / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / antennal morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of PTEN localization / sensory organ precursor cell division / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of PTEN stability and activity ...SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / DS ligand bound to FT receptor / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / antennal morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of PTEN localization / sensory organ precursor cell division / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of PTEN stability and activity / Regulation of the apoptosome activity / spermatid nucleus differentiation / positive regulation of Toll signaling pathway / border follicle cell migration / positive regulation of border follicle cell migration / chaeta development / caspase binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / NEDD8 ligase activity / negative regulation of JNK cascade / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / ubiquitin-specific protease binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / spermatogenesis / regulation of cell cycle / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger ...Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Death-associated inhibitor of apoptosis 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, X. / Wang, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2011
タイトル: Structural mechanisms of DIAP1 auto-inhibition and DIAP1-mediated inhibition of drICE.
著者: Li, X. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2011年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Apoptosis 1 inhibitor
B: Apoptosis 1 inhibitor
C: Apoptosis 1 inhibitor
D: Apoptosis 1 inhibitor
E: Apoptosis 1 inhibitor
F: Apoptosis 1 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,37412
ポリマ－95,9826
非ポリマー3926
水724
1
A: Apoptosis 1 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0622
ポリマ－15,9971
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Apoptosis 1 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0622
ポリマ－15,9971
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Apoptosis 1 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0622
ポリマ－15,9971
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Apoptosis 1 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0622
ポリマ－15,9971
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Apoptosis 1 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0622
ポリマ－15,9971
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Apoptosis 1 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0622
ポリマ－15,9971
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.782, 99.782, 71.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
12B
22D
32F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A30 - 200
2114C30 - 200
3114E30 - 200
1124B30 - 200
2124D30 - 200
3124F30 - 200

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Apoptosis 1 inhibitor / E3 ubiquitin-protein ligase th / Inhibitor of apoptosis 1 / dIAP1 / Protein thread


分子量: 15996.921 Da / 分子数: 6 / 断片: BIR1 domain (UNP RESIDIES 1-136) / 変異: C89S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli
参照: UniProt: Q24306, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 100mM Bis-Tris pH 5.4, 0.2M (NH4)2SO4, 3%( vol/vol) CH3OH, 22% (wt/vol) Polyethylene Glycol 3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.317
11-H, H+K, -L20.182
11-h,-k,l30.305
11K, H, -L40.197
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30880 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 11.5 / Observed criterion σ(I): 2.3

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SDZ

1sdz


解像度: 2.4→32.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 8.816 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21709 1622 5.3 %RANDOM
Rwork0.14575 ---
obs0.14959 29236 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.83 Å20 Å20 Å2
2--7.83 Å20 Å2
3----15.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→32.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4790 0 6 4 4800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0224926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.991.9436709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.1075576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.17923.696257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.35915807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7891548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.0223844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3661.52948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09124805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.61131978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7334.51903
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A744medium positional0.520.5
11C744medium positional0.520.5
11E744medium positional0.520.5
22B733medium positional0.540.5
22D733medium positional0.640.5
22F733medium positional0.580.5
11A744medium thermal2.152
11C744medium thermal1.742
11E744medium thermal2.072
22B733medium thermal1.942
22D733medium thermal1.832
22F733medium thermal1.862
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 224 -
Rwork0.175 1978 -
obs--95.37 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る