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- PDB-6xvt: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDDL-NH2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xvt
タイトルENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDDL-NH2
要素
  • ACY-SC1-SC2-SC3-SC4-SC5-NME
  • Protein enabled homolog
キーワードCELL ADHESION / proline-rich motif / ActA / Ena/VASP inhibitor / actin / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / filopodium / GABA-ergic synapse ...postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / filopodium / GABA-ergic synapse / SH3 domain binding / lamellipodium / actin binding / cytoskeleton / postsynapse / focal adhesion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily ...VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Protein enabled homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Barone, M. / Le Cong, K. / Roske, Y.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research16GW0186K ドイツ
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, Y. / Schmieder, P. / Volkmer, R. / Nazare, M. / Heinemann, U. / Oschkinat, H. / Ten Dijke, P. / Schmalz, H.G. / Kuhne, R.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: A modular toolkit to inhibit proline-rich motif-mediated protein-protein interactions.
著者: Opitz, R. / Mueller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / ...著者: Opitz, R. / Mueller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / Oschkinat, H. / Schmalz, H.G. / Kuehne, R.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.52022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年7月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein enabled homolog
B: Protein enabled homolog
G: ACY-SC1-SC2-SC3-SC4-SC5-NME
H: ACY-SC1-SC2-SC3-SC4-SC5-NME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,91710
ポリマ－26,5114
非ポリマー4066
水2,522140
1
A: Protein enabled homolog
G: ACY-SC1-SC2-SC3-SC4-SC5-NME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4144
ポリマ－13,2552
非ポリマー1582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6740 Å2
手法PISA
2
B: Protein enabled homolog
H: ACY-SC1-SC2-SC3-SC4-SC5-NME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5036
ポリマ－13,2552
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.650, 44.280, 43.160
Angle α, β, γ (deg.)60.849, 84.037, 84.005
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLNGLN(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA5 - 87 - 10
12ALAALAALAALA(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA11 - 1213 - 14
13VALVALTYRTYR(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA15 - 1617 - 18
14ALAALAALAALA(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA1921
15LYSLYSGLYGLY(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA22 - 2724 - 29
16THRTHRVALVAL(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA30 - 4932 - 51
17ILEILEILEILE(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA53 - 6055 - 62
18ALAALAARGARG(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA63 - 8465 - 86
19VALVALSERSER(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA86 - 9388 - 95
110ASPASPPHEPHE(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA96 - 10098 - 102
111METMETVALVAL(chain 'A' and (resid 3 or resid 5 through 9...AA105 - 110107 - 112
21SERSERGLNGLN(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB5 - 87 - 10
22ALAALAALAALA(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB11 - 1213 - 14
23VALVALTYRTYR(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB15 - 1617 - 18
24ALAALAALAALA(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB1921
25LYSLYSGLYGLY(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB22 - 2724 - 29
26THRTHRVALVAL(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB30 - 4932 - 51
27ILEILEILEILE(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB53 - 6055 - 62
28ALAALAARGARG(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB63 - 8465 - 86
29VALVALSERSER(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB86 - 9388 - 95
210ASPASPPHEPHE(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB96 - 10098 - 102
211METMETVALVAL(chain 'B' and (resid 3 or resid 5 through 9...BB105 - 110107 - 112

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要素

#1: タンパク質 Protein enabled homolog


分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: S0A, Q4A, E95A are mutated for modelling as only the backbone was visible
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N8S7
#2: タンパク質・ペプチド ACY-SC1-SC2-SC3-SC4-SC5-NME


分子量: 627.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.07M AmSO4, 300mM LiNO3 / Temp details: Incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.6 Å / Num. obs: 42224 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 9.48
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6456 / CC1/2: 0.479 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NCG

5ncg


解像度: 1.4→38.6 Å / SU ML: 0.2044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.345 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 2110 5 %Random
Rwork0.2016 40099 --
obs0.203 42209 96.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 115 140 1991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00922005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.63152722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.05581288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.430.37461400.38542673X-RAY DIFFRACTION95.68
1.43-1.470.33411390.33392642X-RAY DIFFRACTION95.37
1.47-1.510.36971400.31092659X-RAY DIFFRACTION95.59
1.51-1.550.30591350.27722565X-RAY DIFFRACTION93.01
1.55-1.60.28291410.25982666X-RAY DIFFRACTION96.23
1.6-1.660.28321410.24352689X-RAY DIFFRACTION96
1.66-1.730.25481410.22722668X-RAY DIFFRACTION96.3
1.73-1.80.27421410.21152673X-RAY DIFFRACTION96.44
1.8-1.90.2021400.19962676X-RAY DIFFRACTION96.6
1.9-2.020.20591410.18422673X-RAY DIFFRACTION95.75
2.02-2.170.22491420.18942706X-RAY DIFFRACTION98.07
2.17-2.390.21231420.18442716X-RAY DIFFRACTION98.15
2.39-2.740.23791420.18982686X-RAY DIFFRACTION96.82
2.74-3.450.22121430.1862710X-RAY DIFFRACTION97.37
3.45-38.60.19141420.17332697X-RAY DIFFRACTION97.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.344353123130.240298394695-0.3372919857220.962858318842-0.04653394663632.56750275242-0.01006845964030.144729202411-0.124599973514-0.0005316691557130.0156458545223-0.0116441444091-0.00493998344681-0.063068141715-0.001086791208260.08991258365040.005013345301740.002767723608050.1295691741570.03823425290820.140220082771-9.282117508858.46360253952-4.43325618487
22.44899051882-0.297930056579-0.3970575511262.42605046259-1.160039017341.916445672370.04859573708380.15833649887-0.116959283527-0.0313019238932-0.0961252927727-0.006936154375210.003858932760830.03730021576730.0405456404810.1013812014230.01234493908970.005318606594370.1827201643860.04163778645690.131022505584-27.1426650358-2.7951973379814.2423892677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 111)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 111)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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