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- PDB-5n9p: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-NH2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n9p
タイトルENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-NH2
要素
  • Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-NH2
  • Protein enabled homolog
キーワードPROTEIN BINDING / proline-rich motif / Ena/VASP inhibitor / actin / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / filopodium / GABA-ergic synapse ...postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / filopodium / GABA-ergic synapse / SH3 domain binding / lamellipodium / actin binding / cytoskeleton / postsynapse / focal adhesion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily ...VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein enabled homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Barone, M. / Roske, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, Y. / Schmieder, P. / Volkmer, R. / Nazare, M. / Heinemann, U. / Oschkinat, H. / Ten Dijke, P. / Schmalz, H.G. / Kuhne, R.
履歴
登録2017年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein enabled homolog
A: Protein enabled homolog
C: Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-NH2
D: Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-NH2
E: Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2006
ポリマ－27,1655
非ポリマー351
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Tetramerization of Ena/VASP is mediated by EVH2 domain (Bachmann1999)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.266, 47.266, 202.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein enabled homolog / ENAH EVH1


分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Only the backbone of S2B was modelled as side chain was not visible
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: Q8N8S7
#2: タンパク質・ペプチド Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-1]-NH2


分子量: 636.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 500mM lithium chloride / Temp details: Plate hotel

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41 Å / Num. obs: 25337 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4010 / CC1/2: 0.581 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N9C

5n9c


解像度: 1.8→40.124 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 1266 5 %Random
Rwork0.2026 ---
obs0.2038 25336 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1721 0 139 65 1925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2732687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.221361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7998-1.87180.30081380.28912627X-RAY DIFFRACTION100
1.8718-1.9570.25061380.24532622X-RAY DIFFRACTION100
1.957-2.06020.25921390.22332650X-RAY DIFFRACTION100
2.0602-2.18930.24411380.20982621X-RAY DIFFRACTION100
2.1893-2.35830.22911400.18782656X-RAY DIFFRACTION100
2.3583-2.59560.26251400.20622658X-RAY DIFFRACTION100
2.5956-2.97110.26411410.21432687X-RAY DIFFRACTION100
2.9711-3.74280.21781430.20632707X-RAY DIFFRACTION99
3.7428-40.13370.19011490.17962842X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90990.08380.62181.85230.28691.01710.03120.21650.0299-0.0602-0.015-0.06080.00730.01840.00310.1773-0.00580.02270.2316-0.01650.22114.443452.3838230.7101
20.5846-0.40930.44461.3652-0.45921.11340.65130.1456-0.5982-0.3942-0.0524-0.2361.451-0.07010.36530.9199-0.0214-0.22530.353-0.00890.4455-9.640342.0842209.8142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 1 through 111)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 5 through 111)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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